Далее проницательный священник отметил огромное количество складов, где хранились внушительные запасы продуктов на случай осады: «Хранилища в виде глубоких колодцев… и в них всегда имеется зерно и другие съестные припасы для 300 человек на срок до 3 лет». Мальтийские форты всегда считались неприступными и действительно являлись таковыми. Крепостные стены были частично выдолблены в скалах, частично сложены из плотно пригнанного светлого камня и окружены глубоким рвом, который копали пленные турки.
Грандиозная цитадель Валлетты почти не изменилась со времен Великой осады. Ее улицы остались узкими и кривыми; немного обветшали форты, хотя стены, не утратив ни сантиметра высоты, все еще способны отразить нападение многотысячной армии. В систему укреплений вошли ходы и камеры доисторических катакомб. Подземелья с низкими сводами подходили для складирования зерна, в более просторных пещерах защитники крепости укрывались во время затяжных боев. Собственно, под Валлеттой когда-то существовал второй город, где постоянно жили бедняки, не нашедшие места под солнцем. Их подземные дома соседствовали с древними храмами. По слухам, длина и взаимосвязь подземных тоннелей Мальты позволяют пересечь ее из конца в конец. Тогдашние знатоки «темной части» столицы в самом деле могли пройти весь остров, не поднимаясь на поверхность. Вольная жизнь мальтийских диггеров закончилась в начале прошлого века, когда в подземельях бесследно исчезла группа школьников. После этой трагедии городские власти распорядились перекрыть все известные входы, чем спасли от жуткой смерти многих своих соотечественников.
В пору своего пребывания на архипелаге орден Святого Иоанна Иерусалимского превратился в мощную державу, обладающую лучшим в Европе флотом. Почти 200 лет его корабли контролировали морскую часть Средиземноморья, обеспечив союзу славу «морского щита» Европы. Огромные конвойные суда с белым восьмиконечным крестом защищали торговые суда от турецких корсаров. Трижды в год галеры ордена выходили на корсо – так называлась погоня за пиратскими судами в открытом море. Члены экипажей захваченных кораблей становились рабами, поэтому в орденском флоте не ощущалось недостатка галерных гребцов. Кавалеры участвовали в морских сражениях, считая долгом оказывать помощь правителям Испании, Рима, Венеции, Генуи, Неаполя и Пармы. Один из главных маршрутов патрулирования мальтийских галер начинался в Неаполе, проходил через Мессину и завершался в Валлетте, обеспечивая снабжение острова, а также постоянную связь с материковыми государствами.
В 1571 году команда доблестного капитана Пьетро Джустиниани помогла итальянцам разгромить турок в морском сражении при Лепанто: 3 мальтийские галеры вступили в бой с 30 кораблями противника, потопив всю флотилию ценой единственного судна. После того боя Турция надолго утратила господство на просторах Средиземного моря. Для Османской империи это поражение стало первым проявлением слабости. Тем не менее опасность вторжения турок была реальной, особенно когда султан Селим, сын Сулеймана и его любимой жены, бывшей наложницы-украинки Роксоланы, захватил Тунис, в последний момент обойдя Мальту стороной.
Участием Мальтийского ордена отмечены военные экспедиции испанцев в Алжире и французов в Канаде. Заметный след в истории войн оставил поход, завершившийся взятием городов Наварин и Хиос. В начале XVII века мальтийские кавалеры высадились на западном побережье Пелопоннеса, опустошив города Лепанто и Патры. Им принадлежит сомнительная заслуга в захвате Коринфа, победе при Сан-Маро, усмирение бунтовщиков в герцогствах Парма и Пьяченца. Зато разгром турецкого флота в проливе Дарданеллы имел последствием события 1615 года, когда прибывший на Мальту 5-тысячный турецкий отряд закончил операцию на дне моря.
К 1632 году на архипелаге проживало около 50 тысяч человек. Большая их часть проживала в столице и близлежащих селениях Биргу и Сенглеа, составлявших единый укрепленный комплекс вокруг Большой гавани. В то время значительно усиленный флот госпитальеров часто вступал в неравные схватки и неизменно выходил победителем. В хрониках описаны победы мальтийцев над превосходящими силами врага: «Военные подвиги кавалеров не переставали возвышать славу их оружия. Брат Адриан Ланго с одним кораблем „Святая Екатерина“ атаковал 7 алжирских кораблей, обратил их в бегство и даже захватил один, именовавшийся „Полумесяц“, уничтожив 40 пушек и 400 человек экипажа, тогда как сам потерял только 7 матросов».