Всем поступавшим в госпиталь надлежало составить завещание обязательно в присутствии настоятеля и двух свидетелей. Среди прочих условий в документе имелась запись о том, что пациент выделяет определенную сумму денег на проведение заупокойных месс и отпущение грехов. При обычных обстоятельствах покойников хоронили на больничном кладбище. После 1676 года, с развитием анатомии и выходом соответствующих указов, мертвые тела начали вскрывать, а изучение этой ранее запрещенной науки для каждого врача являлось обязанностью. Тогда же в Сакра инфермерия открылась кафедра анатомии и хирургии, которую возглавил молодой врач, кавалер Джузеппе Заммит, бывший личным врачом пяти великих магистров.
Примерно через полвека на средства ордена в Италии стажировался Габриель Хенин, после того назначенный руководителем кафедры анатомии и хирургии. Он прославился по всей Европе как превосходный хирург, легко справлявшийся с катарактой, мастерски проводивший трепанацию черепа для лечения вдавленных переломов. К концу столетия при госпитале работал анатомический театр, просуществовавший до немецкой бомбардировки 1942 года.
Орден иоаннитов всегда был самостоятельной военно-политической организацией и, по сути, являлся суверенной державой. Уже в первые годы монашеское братство существовало по четко разработанным правилам и пользовалось всеми светскими правами, то есть имело право обмениваться послами и заключать договоры с другими государствами. Устав ордена окончательно сформировался еще на Родосе. В 1753 году основным учредительным документом стала так называемая конституция папы Бенедикта XIV. Через 20 лет папский указ дополнился кодексом Рогана, названным по имени создателя, великого магистра Эммануила де Рогана-Полдю. Не утратив изначальной сути, этот документ и сегодня остается руководством для всех членов ордена. На закате своей мальтийской истории кавалеры по-прежнему считали себя воинством Христовым и вели «борьбу за славу Бога и католическую веру», что подтверждал знак креста, украшавший все виды рыцарской одежды.
Когда численность ордена перешла все мыслимые пределы, капитул решил разделить его на составные части по национальному признаку. Образовавшиеся таким образом 8 языков объединяли выходцев из Прованса, Оверни, Франции, Италии, Арагона с Каталонией и Наваррой, Кастилии с Португалией, Германии, Англии с Ирландией и Шотландией. В царствование Генриха VIII англичане, перестав быть католиками, вышли из братства. Позже выходцам из туманного Альбиона разрешалось вступать в англо-баварский язык, учрежденный на территории Германии.
Короли и богатые феодалы жертвовали госпитальерам деньги и земли, из которых со временем образовались командорства, отчислявшие в орденскую казну часть доходов. Рыцарь, управляющий этим подразделением, носил титул командора. Группы командорств именовались бальяжами, а те составляли приорства и великие приорства, объединенные в соответствующие нации. Командорства могли сдаваться в аренду с целью получения налога за пользование землей – респонсии.
Великий магистр избирался пожизненно, имел решающий голос во всех орденских делах, осуществлял назначения на должности, присваивал почетные звания. Обладая широкими правами, он отчитывался в своих действиях только папе, хотя не мог не считаться с решениями Священного капитула (конвента). Утвержденные им законы и рекомендации исходили из положений католического права. Древние правила дополнялись или упразднялись в зависимости от условий, вслед за какими-то событиями либо в связи с обстоятельствами. Со сменой эпох изменялись взаимоотношения ордена с другими государствами и организациями. Не вечными оказались и дарованные папами привилегии, которых за долгую историю братства накопилось немало.
Гроссмейстеру разрешалось каждые пять лет выделять командорство кому-нибудь из рыцарей, взимая респонсию и самовольно распоряжаясь полученными деньгами. Исполнительную власть в ордене осуществлял подчиненный капитулу совет, состоящий из великого магистра, столпов (глав языков), приоров и бальи. Носители всех этих титулов были кавалерами Большого креста. В отличие от малого, серебряного, полагавшегося каждому посвященному рыцарю, он был золотым и носился на цепи из того же металла или на черной ленте. Над Большим крестом обычно располагались дополнительные символы, например золотая корона и родовой герб. С середины XVII века серебро в малых крестах заменила белая эмаль, а углы стали украшаться рисунками, преимущественно с изображением лилий.