После долгих, но тщетных стараний иезуитской партии удалось наконец, нанести сильный удар своему противнику. Майор д'Анзас просил прямо императора о разрешении ему вступить в брак с родною сестрою его покойной жены. Государь непосредственно от себя разрешил эту просьбу, написав между прочим в своей резолюции: «отныне я сам буду разрешать браки в недозволенных законом степенях родства». Иезуитская партия воспользовалась такою резолюцией государя и начала осыпать митрополита укорами за то, что он своею податливостью допустил такое необычное вмешательство светской власти в дела, подлежащие исключительно ведению церкви. Сестренцевич, поставленный в крайне неприятное положение, обратился за советом к князю Куракину, который, будучи настроен иезуитами, посоветовал митрополиту протестовать против резолюции, сославшись на то, что все епископы оскорблены ею. Сестренцевичу грозила уже страшная опала, но один случай не только предотвратил ее, но и доставил ему снова чрезвычайное благоволение государя.
В это время умер герцог Вюртембергский, отец императрицы Марии Федоровны. Герцог был католического вероисповедания, и Сестренцевич сделал распоряжение, чтобы во всех католических церквах была отслужена по нем заупокойная обедня, а сам по этому случаю произнес в церкви на немецком языке трогательную речь. Как только Павел Петрович узнал об этом, тотчас же потребовал митрополита к себе и, выразив признательность за его образ действий, подарил ему богатое облачение и наперсный крест, осыпанный бриллиантами, и вдобавок к этому надел на него Александровский орден. Иезуиты отступили несколько назад, но прежние их подпольные интриги не унялись. На свержение митрополита они смотрели как на такое обстоятельство, которое даст им возможность утвердиться прочно при дворе и установить свое влияние не только на католическую церковь в России, но отчасти и на все как внутренние, так и внешние государственные дела. Иезуитская работа шла теперь во дворце русского государя с такою деятельностью, которая была бы уместна разве в Эскуриале во времена Филиппа II, а мальтийские рыцари, которые составляли силу в высшем русском обществе, были деятельными пособниками иезуитов.
Недолго, однако, митрополит пользовался спокойствием. Иезуиты снова начали тревожить его, а в расположении к нему императора, быстро переходившего от доверия к подозрительности, от привязанности к ожесточенности, начало появляться заметное колебание. Вскоре они успели довести дело до того, что по доносу нескольких белорусских монахов на самовластие Сестренцевича император назначил над ним следствие, уронившее митрополита в глазах всего духовенства и придавшее врагам его особенную смелость. Сестренцевич, однако, уцелел и на этот раз…
Иезуиты не угомонились и решились нанести митрополиту новый удар.
Сестренцевич с согласия императора удалил с кафедры епископа Дембовского, который, жалуясь на начальнический произвол митрополита, обратился по внушению иезуитов к покровительству папского нунция Лоренцо Литты. Нунций с жаром вступился за удаленного епископа, требуя чрез князя Безбородко восстановления Дембовского в его епархии. Тщетно митрополит убеждал нунция не вмешиваться в это дело, ссылаясь на то, что на удаление епископа последовало согласие самого государя. Нунций не унимался и отправил канцлеру резкую ноту. Император вышел из себя и расправился с нунцием по-своему. Он приказал оставить ноту Литты без ответа и послал князя Лопухина известить нунция, что его эминенции запрещен приезд ко двору. Не успел еще Литта оправиться от этого удара, нанесенного его самолюбию, как последовал на имя генерал-прокурора Беклешева следующий указ: «Нашед не нужным постоянное пребывание папского посла при дворе Нашем, а еще менее правление его католическою церковью, повелеваем папскому нунцию Литте, архиепископу фивскому, оставить владения наши». Вследствие этого указа Литта должен был выехать из Петербурга в двадцать четыре часа. Император для объяснения папе такой крутой меры с представителем апостольской власти приказал Сестренцевичу написать письмо и отправить его к находившемуся в то время в Италии фельдмаршалу Суворову, который должен был вручить это письмо лично папе.
Такое поручение, данное русскому полководцу, имело в глазах императора особенное значение. Суворов должен был восстановить в Италии и духовную и светскую власть папы, вытеснив оттуда «безбожных» французов. Таким образом, он являлся поборником католицизма, и папа не мог иначе как только благосклонно отнестись к такому лицу и снисходительно взглянуть на тяжкое оскорбление, нанесенное в Петербурге представителю папского престола.