Во внутренней жизни ордена наступил тяжелый кризис. Слава завоевателя Родоса и непривычное, но ласкающее амбиции положение суверена государства вскружили голову великому магистру, который почувствовал себя новым Александром Македонским и начал вести образ жизни, вызвавший большие нарекания среди рядовых госпитальеров. Дело дошло до того, что в 1317 г. на жизнь де Вилларэ было совершено покушение. Глава ордена вынужден был бежать, а на его место братья временно выбрали столпа Арагона Мориса де Паньяка.
Конфликт взялся улаживать папа Иоанн XXII, но далеко не бескорыстно. Ему удалось повернуть дело таким образом, что в выигрыше в конце концов оказался «святой престол», усиливший влияние на свою духовно-рыцарскую паству. Иоанну XXII удалось несколько обуздать рыцарскую вольницу, где угрозами, где посулами принудить их соблюдать дисциплину, сократить непомерные расходы на содержание двора великого магистра и другие траты членов ордена и т.п. Под его давлением иоанниты в 1319 г. избрали нового магистра (Фульк де Вилларэ вынужден был подать в отставку). Им стал Элио де Вильнёв (1319—1346), правление которого отличалось стабильностью и медленным, но неуклонным упрочением позиций ордена.
Прежде всего перед великим магистром встала задача добиться от европейских государств передачи родосским рыцарям де-факто тех владений тамплиеров, которые были им дарованы папской буллой 1312 г. Вполне естественно, что монархи Англии, Франции, Арагона, Кастилии и Португалии, в руки которых неожиданно попало такое богатство, не спешили расстаться с имуществом уничтоженного ордена. Так, французские короли (Филипп IV и его сыновья, по очереди занимавшие трон) требовали от госпитальеров уплаты за передачу им земель в размере 200 тыс. ливров. Аналогичные трудности орден встречал и в других странах.
Как всегда в подобных случаях, у монархов нашлись необходимые мотивировки, а точнее, на свет божий из Леты была извлечена старая версия, превратившаяся было в анахронизм с завоеванием Родоса: иоаннитов опять обвинили в бездействии, в том, что родосская кампания была ими предпринята не для защиты «дела христианства» от «язычников», а лишь для того, чтобы решить собственные проблемы и т.п. Под этим предлогом Западная Европа хотела избавиться от ставшего обузой ордена, тем более что он являлся серьезным конкурентом в денежных делах. Правители государств, могущественные феодальные сеньоры, князья и графы — все мечтали установить контроль над приорствами и командорствами ордена. Они требовали от братьев, осевших в их владениях, ленной присяги, что давало им право привлекать рыцарей на службу, пытались вмешиваться в назначения внутри ордена, препятствовали отправке доходов ордена на Родос, а зачастую возражали и против новых наборов иоаннитами для их «ратных подвигов» на Востоке.
Все эти трудности заставляли великого магистра надолго оставаться в Европе, где ему удалось в результате бесконечных вояжей по столицам королевств и княжеств и благодаря заступничеству папы кое-как урегулировать имущественные споры. Часть полученных земель тут же пришлось продать, чтобы покрыть долги Вилларэ и приступить к строительству укреплений на Родосе. Благоразумная финансовая политика главы ордена позволила ему не только расплатиться в 1335 г. с банкирскими домами Флоренции — Барди, Перуцци, Велутти и другими, которым госпитальеры в 1320 г. должны были 500 тыс. золотых флоринов, но и фактически заново отстроить крепость и город Родос, положить начало сети укрепленных пунктов на близлежащих островках архипелага и приступить к созданию собственного передового по тем временам флота.
Столица иоаннитов в первой половине XIV в. являла собой весьма любопытное зрелище. Город делился на две неравные части; в меньшей, называемой «коллахиум» (collachium), селились сами рыцари, а в другой — «борго» (borgo) — все остальные жители Родоса. Рыцарские кварталы отделялись от остального города крепостной стеной, здесь находились крепость, резиденция великого магистра, другие служебные помещения ордена. Братья проживали или в собственных домах, или в своего рода общежитиях или гостиницах — «обержах» (auberge), принадлежавших языкам. Вся их жизнь регламентировалась статутами, а день, по крайней мере в теории, был заполнен молитвами и военными учениями.
На деле же существование воинов-монахов представлялось не столь однообразным. Как и в Палестине, они довольно быстро обзавелись рабами и крепостными, окружили себя роскошью и уделяли куда больше внимания веселым пирушкам и похождениям, чем пребыванию в «храме божьем». В их образе жизни, манере поведения и облике причудливо переплелись восточные и западноевропейские обычаи.