Роскошный образ жизни Вердаля, его стремление утвердить себя в качестве полноправного властителя не могли не вызвать нарекания как среди простых мальтийцев, так и среди средних священнослужителей. Апогеем безрассудного поведения главы ордена явились пиршества в его новом поистине царском дворце, где его слух услаждали отборные музыканты, а вкус — изысканные яства, в тот момент, когда на острове свирепствовала чума (1592 г.), а затем — голодные годы. Трудно сказать, чем бы закончилось все это для потерявшего голову от чувства безнаказанности великого магистра, если бы он не умер практически сразу после этих мрачных событий, причем не дома в Ла-Валлетте, а в резиденции папы в Риме.
В борьбе с орденом епископ Мальты тоже не сидел сложа руки. В 1592 г. он пригласил на остров в качестве союзника орден иезуитов, уже достаточно «зарекомендовавший» себя в других странах. Беспринципные, ловкие, умные и хитрые иезуиты вскоре заняли на Мальте те же позиции, что и во всех остальных местах, где они внедрялись. Остров все больше опутывался цепями католицизма.
Беспристрастно шаг за шагом анализируя историю ордена св. Иоанна, можно увидеть очевидный факт — где бы он ни появлялся, какой бы статус ни приобретал, вокруг него постоянно вспыхивали склоки. В Палестине он поочередно перессорился со всеми феодалами и с орденом тамплиеров, с Кипра его просто попросили, на Родосе он враждовал с греками и римской курией, на Мальте рыцари вообще заняли круговую оборону против светских владык и простого люда, епископа и папского трибунала, вице-короля и иезуитов.
Шестьдесят три инквизитора сменилось на острове за время пребывания там госпитальеров, и абсолютно со всеми орденская верхушка сумела испортить отношения, которые колебались от легкой неприязни до открытых схваток. Между тем именно с теми, кто занимал этот пост, великим магистрам меньше всего следовало вступать в коллизии: двадцать пять из этих шестидесяти трех мальтийских инквизиторов впоследствии стали кардиналами, а двое даже римскими папами, остальные же получили сан епископов. Иными словами, это все были люди, высоко стоявшие на иерархической лестнице католической церкви, которые могли или содействовать, или мешать ордену иоаннитов.
Если впоследствии мальтийские рыцари опять набрали силу и пользовались определенной независимостью в европейских делах, то во второй половине XVI в. им приходилось действовать с большой оглядкой. Борясь за престиж, отступая перед натиском папской курии или доказывая свои права, они не смели ни на минуту забывать о своей основной миссии, под предлогом которой орден утвердился на Мальте. Поэтому на протяжении 1565—1595 гг. флот госпитальеров неоднократно принимал участие в военных кампаниях европейских государств против турецкой экспансии. Участвуя в битвах с турками, в каком бы районе Средиземноморья они ни происходили, орден тем самым ограждал и свои владения от новых нашествий. Каждый умелый удар, нанесенный по врагу, увеличивал шансы иоаннитов отстоять Мальту и уменьшал возможность непосредственной прямой атаки османского флота, как это было в 1565 г.
Большой резонанс в Европе получило морское сражение при Лепанто (старинное название греческого города Навпактос) в 1571 г., в ходе которого объединенная эскадра антитурецкой коалиции Священной лиги нанесла сокрушительный удар флоту Османской империи, надолго похоронив мысль превратить Средиземное море в «султанов пруд». В Священную лигу входили Испания, Рим, Венеция, Генуя, Неаполь, Парма и другие мелкие итальянские государства, а также иоанниты. Правда, последние выставили всего три галеры, однако сражались они, как всегда, достаточно самоотверженно, подтвердив высокую воинскую репутацию ордена.
Разгром турецкого флота в битве при Лепанто явился первым внешним проявлением начинавшейся слабости империи. Однако, несмотря на понесенное поражение, Турция продолжала еще оставаться могучей державой, заставлявшей трепетать даже более сильных противников, чем Мальтийский орден. Сложная, взрывоопасная ситуация в Средиземноморье заставляла рыцарей постоянно быть начеку и торопиться с возведением столицы, которая должна была стать «щитом» Мальты.
Нависшая над островом в 1574 г. опасность нового турецкого вторжения показала насущную необходимость скорейшего окончания строительных работ. Султан Селим II, сын Сулеймана и бывшей украинской рабыни, ставшей всесильной султаншей Хасеки по прозвищу Роксолана, намеревался вначале напасть на Мальту, но затем передумал и захватил г. Тунис (1574 г.). Преемники его постоянно держали маленький отважный остров под прицелом.