Для подкрепления договора, и главное — неписаной его части о почетном плене его ретивого родственника, Баязид II передал в 1484 г. в дар ордену «святую реликвию»: правую руку Иоанна Крестителя, основного покровителя ордена иоаннитов. Однако подлинного дружелюбия или хотя бы лояльных отношений не было и быть не могло: основной целью турок было завоевание новых земель для «упрочения власти пророка», а рыцари заведомо выступали под знаменем борьбы с исламом.
В 1489 г. госпитальеры выменивают Джема на новые привилегии от римской курии. Великий магистр передает незадачливого претендента под опеку папы Иннокентия VIII, за что сам д'Обюссон приобретает кардинальскую шапку, а возглавляемый им орден — владения еще двух распущенных духовно-рыцарских братств: «Гроба Господня» и «св. Лазаря». Дальнейшая судьба высокого пленника напрямую с орденом уже не связана; однако, чтобы покончить с этой историей, следует вкратце упомянуть, чем закончилось для него своекорыстие иоаннитов. «Зам-Солдан» переходил из рук пап в руки французского короля и обратно до тех пор, пока Баязиду II не удался ловкий дипломатический маневр: он договорился с очередным папой, развратным и сребролюбивым Александром VI, о том, что его брат будет отравлен. За «устранение» принца Баязид пообещал папе 300 тыс. дукатов, и последний не устоял: в 1495 г. по дороге из Рима в Неаполь Джем внезапно заболел и в страшных мучениях скончался.
Несмотря на то что с Турцией был установлен мир, а с Египтом он был продлен (1484 г.), родосские рыцари не переоценивали их значение и продолжали заботиться об обороноспособности острова. Особую активность они развили в 1496 г., подозревая, что теперь, когда после смерти брата Баязид ничем не связан, он вполне может начать военные действия против Родоса. В марте великий магистр дал указания приору Мессины Паоло ди Салома пригласить на службу к ордену «вооруженные корабли любой нации и в любом состоянии, владельцы и капитаны которых имеют намерение и священное желание вредить разного рода неверным». При этом он обещал добровольцам радушный прием на острове и право «торговать захваченными товарами, но только теми, что отняты у неверных, а не у христиан». В сентябре того же года капитул ордена поручает еще трем своим членам зафрахтовать и привести на Родос две галеры с различными товарами и материалами, необходимыми для строительства новых судов.
В 1498 г. госпитальеры подтвердили приверженность соглашению с султаном, что, однако, не помешало им включиться в подготовку будущего крестового похода против турок. В 1501 г. союз христианских государств против турецкой угрозы оформился окончательно. Папа Александр VI обещал выделять 40 тыс. дукатов ежегодно на «святое дело истребления неверных» и снарядил эскадру из семи галер во главе с епископом Пафосским адмиралом Джакопо да Пезаро и пяти под командованием госпитальера Фабрицио дель Карретто. К ней присоединились шесть судов из Венеции, возглавляемые братом адмирала Бенедиктом да Пезаро; наконец, Родос выставил еще три галеры, не считая «большого корабля и барки». Главнокомандующим представительным флотом римская курия назначила великого магистра Родосского ордена.
Не успели крестоносцы выйти в море, как между ними возникли разногласия. Иоанниты настаивали на том, чтобы хотя бы часть кораблей была направлена в район Родоса, где в последнее время все большими хозяевами чувствовали себя турецкие корсары, а оба Пезаро считали, что следует начать с операции на Ионнических островах. Их усилия увенчались «достойной» победой — завоеванием крошечного островка Санта-Маура. На этом союз распался, и иоаннитам пришлось действовать в одиночку.
Последующие два десятка лет были заполнены мелкими и средними стычками с османами на море и на суше. То и дело в документах ордена начала XVI в., хранящихся в Государственной библиотеке Республики Мальта, встречаются упоминания о захваченных и потопленных кораблях (османских и мамлюкских), о богатой добыче, выгодно проданной рыцарями на европейских и восточных рынках, о значительных суммах денег, полученных в качестве выкупа за знатных пленников-мусульман.