Главным же вдохновителем крестовых походов, принесших неисчислимые страдания и муки как их участникам из Западной Европы, так и восточным народам, явилась римско-католическая церковь. Причины, заставившие «святой престол» бросить вожделенные взоры на Левант (по франц. «Levant» — восход), были еще более разнообразными и хищническими по своей природе, чем у непосредственных исполнителей задуманного предприятия. Здесь следует выделить две основные группы интересов, которыми руководствовалась церковь, призывая отвоевать Гроб Господень: экономические и политические. Во-первых, будучи крупнейшим феодальным собственником, она, как и другие феодалы, стремилась к приумножению своих земель; во-вторых, подчинение новых стран власти католической церкви сулило ей возможность увеличить свои доходы за счет так называемой десятины (специального налога в пользу церкви); в-третьих, уходившие в далекий поход феодальная знать и рядовые рыцари зачастую жертвовали или отдавали ей на хранение свои сбережения и поместья. И наконец, далеко не последнюю роль сыграло стремление Рима поставить свою власть выше любой другой, духовной или светской.
Борясь за примат власти папы над государями католической Западной Европы тех лет, римская курия ставила своей задачей подчинить себе и восточную церковь, окончательно отделившуюся от западной в 1054 г. Отсюда неослабевающий интерес «святого престола» к Византии, православной церкви. Надежды папства на то, что рано или поздно ему удастся воплотить в жизнь эту «мечту», подогревал тот факт, что Византия в XI в. находилась в тяжелом положении, испытывая угрозу со стороны турок-сельджуков, сицилийских норманнов и печенегов, и постоянно была вынуждена обращаться за помощью к Западу. Воспользовавшись очередной просьбой византийского императора Алексея I Комнина (1081—1118), орды крестоносцев по призыву папы Урбана II двинулись на Восток.
Так в августе 1096 г. начался первый крестовый поход. Однако он обернулся далеко не легкой прогулкой по богатым городам и весям, как это представлялось крестоносному воинству. Преувеличенными оказались расчеты на слабость турок: непрерывно враждовавшие между собой сельджукские эмираты все еще представляли грозную силу. Понеся колоссальные потери, «освободителя Гроба Господня» все же захватили Эдессу, затем Антиохию, учинив в обоих городах кровавую резню населения. Поход закончился в 1099 г. взятием Иерусалима, во время которого рыцари дочиста разграбили город, а его жителей вырезали буквально поголовно, как писал современник событий, не пощадив «ни женщин, ни малюток».
Не прошел бесследно поход и для самих завоевателей; из 12 тысяч ополченцев из простонародья и полутора тысяч рыцарей, принявших участие в осаде и штурме «божьего града», уцелело лишь несколько сот человек. Неудивительно, что в период ожесточенных сражений оказание необходимой медицинской помощи вылилось для крестоносцев в одну из главных проблем. Их предводитель, а в дальнейшем первый правитель основанного им Иерусалимского королевства герцог Годфруа Бульонский поручил Жерару заботу о раненых и больных, а для упрочения положения госпиталя пожаловал ему деревню Сальсала в окрестностях Иерусалима. Жерар, в свою очередь, попросил выделить ему несколько помощников, и четверо рыцарей из числа «защитников веры» вызвались участвовать в деле ухода за больными.
Постепенно госпиталь св. Иоанна в Иерусалиме расширялся, множились его богатства. Исцеленные братьями милосердия знатные рыцари одаривали его землями и поместьями и в Палестине, и в Европе. Так зарождались будущие командорства и великие приорства ордена. Не последнюю роль в росте его экономического могущества играли пожертвования заинтересованных в поддержке иоаннитов королей и принцев восточных государств крестоносцев. В начале XII в. госпиталь св. Иоанна — это уже прославленный по всему Восточному Средиземноморью крупный центр, способный принимать до двух тысяч путешественников и больных.
По определению современников, Жерар был «самым смиренным человеком на Востоке и истинным слугой бедных». При нем госпиталь превратился в своего рода монастырь, где рыцари, ставшие сиделками, добровольно обрекали себя на отход от всего мирского и принимали монашеский обет бедности, послушания и целомудрия, завещанный св. Августином, одним из наиболее почитаемых католической церковью отцов христианства на Западе.
Вместо небольшой часовни настоятель новой обители выстроил церковь и посвятил ее Иоанну Крестителю, что, по всей видимости, окончательно способствовало официально утвердившемуся названию общины — «иоанниты». Тогда же от слова «госпиталь», закрепившегося в полном названии ордена, его члены стали зваться «госпитальерами».