Суть конфликта весьма поучительна, поскольку полностью развенчивает легенду о якобы существовавшем между членами ордена духовном единстве и межнациональном братстве. Первыми восстали испанские рыцари (1581 г.), считавшие, что их роль в делах ордена была сильно принижена. Рассуждения их базировались на том, что на протяжении почти полувека Испания являлась наиболее верным и могущественным покровителем Мальтийского ордена, а потому и его глава должен избираться из испанцев. Обвинив «сюзерена Мальты» во всех смертных грехах, включая сговор с «врагами веры», арагонские и кастильские иоанниты подняли бунт, закончившийся выборами еще одного великого магистра — в противовес первому.
Нашлись на острове и просто авантюристы, которые поддерживали арагонский и кастильский языки в расчете половить рыбу в мутной воде. Конфликт грозил обернуться своего рода гражданской войной. И тогда в него решил вмешаться папа Григорий XIII, который выслал на Мальту своего нунция-инквизитора Висконти.
Следует отметить, что в задачу последнего, в отличие от инквизиторов в других католических странах, не входило выявлять еретиков и устраивать аутодафе на устрашение богобоязненному населению. Нет, в данном случае его функции были значительно проще и вместе с тем деликатнее. Фактически он представлял собой полномочного представителя и соглядатая папы, воспользовавшегося, как и его далекий предшественник Григорий XI, трудностями ордена для укрепления своего влияния.
По требованию нунция в 1581 г. оба великих магистра — «законный» де ла Кассиер и выбранный параллельно Мартин Леку де Ромегас — отбыли в Рим, где «наместник Петра» должен был разрешить их спор. Конечно же, Григорий XIII поддержал ла Кассиера, да и иначе и быть не могло. По мнению римской курии, следовало прежде всего подавить в зародыше самую мысль о возможности бунта против существовавших статутов ордена. Мальтийские рыцари устраивали «святой престол» только в качестве монолитного, спаянного железной дисциплиной, послушного его воле войска; следовательно, никаких брожений среди них глава католической церкви допустить не имел права.
Однако ла Кассиеру недолго удалось торжествовать победу над соперником: в конце того же года он скончался в Риме, так и не успев вернуться на мальтийскую землю. По весьма странному совпадению там же еще раньше умер «узурпатор» Ромегас. Тогда-то папа и решил окончательно подмять орденскую братию под себя. Вместо того чтобы назначить выборы нового великого магистра, как это было принято по уставу ордена, он неожиданно объявил о том, что отныне главу иоаннитов он будет назначать сам. Готова была и мотивировка: Мальтийский орден — объединение духовное, а раз так, то римский папа для него — высшая инстанция.
Можно себе представить, какое недовольство вызвала эта попытка Григория XIII у членов ордена, и без того добивавшихся большей свободы. Папе пришлось пойти на попятный: он позволил провести «свободные» выборы, но только из трех предложенных им кандидатур. Одновременно он отобрал некоторые другие привилегии ордена. В частности, начиная с 1584 г. иоаннитам не разрешалось занимать два высших церковных поста на Мальте — епископа и приора кафедрального собора св. Иоанна. Кроме того, под предлогом необходимости наблюдать за порядком в Ла-Валлетте учредили постоянную резиденцию инквизитора, назначаемого Римом.
Отныне эти два фактора — независимый от великого магистра епископ и папский ставленник инквизитор — стали постоянным источником раздоров на острове. Каждый из трех высокопоставленных сеньоров — глава ордена, глава церкви на Мальте и личный представитель папы — претендовали на верховную власть, чрезвычайно болезненно воспринимая любую попытку вмешательства в свою епархию. Третейским судьей практически во всех разногласиях был папа, что давало ему возможность утверждать на острове свой диктат.
С высоты сегодняшнего дня часть причин, вызывавших в свое время бурные сцены и скандалы, кажется нелепой и несерьезной. Однако, даже отставив в сторону весомые разногласия, следует признать, что для XVI века, когда придворный этикет и формальный престиж имели громадное значение, такие вопросы, как, например, кому уступать дорогу на узких улочках Ла-Валлетты или кому первому являться с визитом, могли сами по себе вызывать постоянные споры и раздоры.
Бесконечная вражда трех высших должностных лиц прежде всего неблагоприятно отражалась на местном населении, которое подвергалось нещадной эксплуатации и постоянно втягивалось в никому не нужные конфликты. При великом магистре Хьюге Лубенксе де Вердале (1582—1595) — первом избранном на этот пост с подачи Рима — были упразднены все органы самоуправления, существовавшие на Мальте. Его преемники в начале XVII в., следуя примеру монархов таких великих держав, как Англия и Франция, пытались подчинить себе мальтийскую церковь.