Успех венецианской миссии, прибывшей на Мальту, был делом весьма проблематичным, поскольку в Ла-Валлетте хорошо помнили двурушническую политику республики на протяжении многих десятилетий. Однако заманчивая перспектива нанести еще один удар давнему врагу — Османской империи — взяла верх, и великий магистр распорядился выделить в помощь Венеции несколько галер. С тех пор и до 1669 г., когда Венеция потерпела поражение от турок и расплатилась за него потерей Крита, госпитальеры участвовали в ее морских операциях против султана. В частности, флот рыцарей оказал большую поддержку силам Венецианской республики в 1656 г. в ходе сражения у выхода из Дарданелл в Эгейское море, когда им удалось освободить семь тысяч пленных христиан.
Вскоре Мальтийскому ордену довелось еще раз вступить в противоборство с турками. Дряхлевшая Османская империя никак не желала смириться со своим военным ослаблением и все еще тщилась доказать, что она грозная сила, которую нельзя сбрасывать со счетов. В 1683 г. турки, воспользовавшись внутренними проблемами Священной Римской империи, вторглись в Австрию и 14 июля подошли к Вене. Поначалу их действия развивались успешно, причем настолько, что императорский двор бежал из столицы, бросив ее на произвол судьбы. Решающий перелом произошел с подходом войск союзных держав под командованием польского короля Яна Собеского. 13 сентября 1683 г. состоялось сражение, участником которого был и отряд мальтийских рыцарей. В результате сражения турки были наголову разбиты, а Вена спасена.
Поражение под Веной положило конец турецкому продвижению в Европе, однако это было лишь началом конца. Еще много воды, а точнее, крови утечет, прежде чем султанская Турция шаг за шагом сдаст свои позиции. Все последнее десятилетие XVII в. Польша, Австрия и Венеция вели непрерывные войны с Османской империей за обладание Пелопоннесом. Как ни странно это звучит, но орден св. Иоанна постоянно был равноправным членом коалиции трех государств, несмотря на кажущуюся в сравнении с ними свою незначительность.
Параллельно с военными успехами госпитальеры пытаются навести порядок в собственном доме. В 1631 г. великий магистр Антуан де Поль созвал генеральный капитул — высший законодательный орган ордена. Согласно статуту, генеральные капитулы или общие собрания всех членов ордена должны были созываться регулярно каждые пять лет, однако на практике этот срок не выдерживался. Так, предыдущий генеральный капитул состоялся в 1603 г., а следующий — лишь через 145 лет, в 1776 г. В остальное время делами ведали глава ордена и его ближайшее окружение, во всем стремившиеся подражать абсолютным монархиям Европы.
Вообще к началу XVII в. на Мальте сложилась и полностью оформилась вся многоступенчатая система управления, которая продержалась почти без изменений до 1798 г. Как уже отмечалось, формально основным руководящим органом считался генеральный капитул, но, собираемый раз в десять, а затем и более лет, он скорее являлся иллюзией демократии, красивой ширмой, которую великие магистры позднее отбросили, как ненужное притворство.
Между общими собраниями на Мальте существовали четыре различных совета: обычный, полный, тайный и криминальный. Обычный и полный советы, по сути, не отличались друг от друга. Вся разница состояла в количестве членов: в одном заседал, если так можно выразиться, постоянный руководящий состав ордена, а в работе второго принимали участие еще 16 рыцарей-старейшин (по два от каждого языка). И тот и другой совет занимались такими вопросами, как прием новичков, установление пенсий, раздача должностей (кроме выборных), отчеты глав командорств и приорств и т.п.
Тайный совет являлся своего рода кабинетом министров или государственным советом при великом магистре, который направлял всю внешнюю и внутреннюю политику Мальты. Он включал в себя узкий круг лиц из высших чинов ордена и собирался в тех случаях, когда следовало быстро решить какую-либо неожиданную проблему, вставшую перед орденом.
Высшим финансовым органом ордена была палата казначейства. Она отвечала за все поступления в казну и за расходы, причем здесь у рыцарей была также выработана стройная система. Обладая немалыми поместьями почти во всех католических странах Европы, они, естественно, испытывали определенные затруднения в централизованном сборе доходов из-за большой удаленности командорств друг от друга и тем более от Мальты.
Для того чтобы облегчить задачу, при каждом приорстве имелась собственная казна, откуда деньги стекались в 29 крупных коллекторов, расположенных на торговых путях, и уже оттуда доставлялись на остров в палату казначейства. Сама палата представляла собой компактный и хорошо отлаженный механизм, состоявший из десяти человек. Президентом палаты казначейства являлся великий командор, обладавший большими полномочиями.