Тобольские воеводы — единственные в те «смутные годы» правители Сибири — всемерно стремились укрепить и расширить Мангазейский острог. Вот почему, отпуская на реку Таз воевод Булдакова и Елчанинова, они приказали укрепить острог, поставить гостиный двор для торговых людей, выдали им 10 пудов пороха и свинца. Не рассчитывая, очевидно, на крепость острожных стен, просили их быть поласковее с ясачным населением, пригласить лучших людей в съезжую избу — «из волостей и из юртов, по скольку человек пригож, а самим в съезжей избе быти в цветном платье, и сказати им потомуж государево царево и великого князя Бориса Федоровича… жалованное слово, что царское величество их пожаловали, велели их во всем беречи, чтоб им насильство и убытка и продажи ни которые ни от кого не было, а ясаков лишних имать с них и вновь прибавливать не велел… А с бедных людей, кому платить ясаков не мочно, по сыску, имать ясаков не велел, чтоб им мангазейским и енисейским всяким людям ни в чем нужи не было; и они б, мангазейская и енисейская самоядь, всякие люди жили в царском жалованье в покое и в тишине…». Воеводам надлежало накормить и напоить старейшин родов и отпустить их домой. А что касается служилых людей, стрельцов и казаков, то тобольские воеводы записали особым пунктом: «смотрети и беречи накрепко, чтоб оне не воровали и не грабили, и мангазейской самояди и торговым людям насильства и продажи и убытков не чинили». Мангазейских воевод предупреждали о том, чтобы следили за теми, кто подстрекает самоедов и остяков на восстание против царя. В наказной памяти не забыты были и меры, так сказать, духовного свойства. С воеводами направлялся в Мангазею «на житье» поп Яков с женою и с детьми. Вез он туда «церковное строение, образа, книги и колокола».
Однако все эти меры не гарантировали безопасность небольшого Мангазейского острога, и поэтому в 1606 г., направляя на реку Таз — уже от имени самозванца Лжедмитрия I — воевод Давыда Васильевича Жеребцова и письменного голову Курдюка Петровича Давыдова, Тобольск распорядился построить на месте острога Мангазейский город. То, что этот город был срублен при Жеребцове и Давыдове, Данила Наумов нашел точные документальные доказательства. В древней летописи Мангазеи, которая велась в соборной церкви Троицы, он отыскал такую запись: «Во 115 (1607) году зарублен город Мангазея на Тазу реке, а зарубил тот город Давыд Жеребцов». Сопоставляя наказные памяти первых воевод, он увидел, что именно после Давыда Жеребцова в них стали писать отсутствующую в прежних документах фразу, а именно: принять дела у Жеребцова и Давыдова «от города и острога и на городе и на остроге наряд и казну зелья…». В наказах до Жеребцова она читалась так: принять «…острог и на остроге наряд, и казну зелья». Наказ, в котором впервые упоминалось слово «город», выдан в 1608 г. мангазейским воеводам Ивану Нелединскому и письменному голове Степану Забелину от имени царя Василия Ивановича Шуйского. Итак, выходило, что город Мангазея был построен при воеводах Жеребцове и Давыдове.
Что же представлял собой этот легендарный город? Вот здесь и пригодился «Расписной список» 1626 г. Судя по нему, Мангазея не отличалась ничем особенным от других рубленых русских средневековых городов Севера. В ней имелась крепость — кремль, крепостная стена, посад, кладбище, три церкви, гостиный двор, «государевы житницы». Но было в нем и такое, что не повторилось ни в одном русском городе. Здесь находилась аманатская изба — явление чисто сибирское. Городские постройки стояли на вечной мерзлоте, поэтому их фундаменты укреплялись на слое замороженной строительной щепы. Под фундамент подкладывались листы бересты, чтобы грунтовая вода не проходила в подвалы здания и не разрушала смороженного слоя. Строительство такого города, насчитывавшего, по некоторым данным, до 500 домов, в которых могли разместиться до 1000–1500 человек, не считая сотни казаков и стрельцов, требовало особого умения и немалого искусства.
В городе было пять башен: одна — проезжая, остальные — глухие угловые. Не удалось выяснить только, какое место в плане строительства города занял старый Мантазейский острог. Правда, в наказных памятях мангазейским воеводам, выданных после Жеребцова и Давыдова, как видно, есть упоминания об остроге: «…принять от города и острога и на городе и остроге наряд…». Но что собой он представлял, неясно. Судя по устройству других русских рубленых городов, в особенности северных, острог защищал городские стены и башни и служил как бы первой линией укреплений. Но в Сибири были и такие остроги, как Илимский, где наряду с городом-крепостью существовал еще и острог, внутри которого находился посад. По всей вероятности, в Мангазейском городе имелась еще и вторая стена. Во всяком случае так полагал Наумов, когда, копируя старую Мангазею, возводил Новую Мангазею: около городской стены осталась старая острожная.