Мэнли был интересным персонажем. Будучи профессиональным филологом, в годы Первой мировой войны он работал шифровальщиком, хорошо разбирался в различных системах тайнописи и был знатоком средневековой истории и философии. С Уильямом Ньюболдом при жизни последнего они неоднократно переписывались, обсуждая различные тонкости расшифровки манускрипта. Еще в 1921 году Мэнли опубликовал статью «Самая таинственная рукопись в мире: является ли автором Роджер Бэкон и найден ли ключ?». В этой работе он высказывал довольно скептическое отношение к труду коллеги, но писал, что, по его мнению, манускрипт не является подделкой и мистификацией и его прочтение – лишь вопрос времени.
Через десять лет риторика Мэнли меняется полностью: в журнале «Speculum» («Зерцало») ученый заявил: все выводы его соотечественника совершенно беспочвенны и изучение загадочной книги нужно начинать заново. Чем объяснить такую перемену? В большинстве случаев исследователи приходят к выводу: Мэнли, хорошо относившийся к Уильяму Ньюболду, не хотел при его жизни вступать в полемику с коллегой и в пух и прах разбивать его достижения. Но все же для научного мира такая позиция представляется немного странной. Как известно, в спорах рождается истина – и как знать, возможно, если бы Джон Мэнли начал научную дискуссию с Ньюболдом при жизни последнего по вопросам расшифровки манускрипта, то толку от этого было бы больше… Но он предпочел поступить иначе.