Иная судьба ожидала представленный 16 сентября 1858 года Муравьёвым, получившим тогда титул графа Амурского, Константину Николаевичу план обустройства присоединённых территорий, предполагавший сооружение в Николаевске искусственной гавани, строительство пристаней по Амуру, Шилке и Ингоде вплоть до Читы, расчистку перекатов на этих реках, устройство телеграфном линии от Николаевска до Софийска и Де-Кастри. Намечалось графом и возведение береговых батарей, трёх — в устье Амура, на 70 орудий, и ещё нескольких — выше по течению. Согласно повелению императора Александра II, план передали на рассмотрение Военного министерства и Сибирского комитета, где председательствовал князь Чернышёв, комитет же обратился за отзывом к Путятину, указавшему на отсутствие в пустынном ещё крае рабочих рук. Его точку зрения приняли, и, несмотря на разъяснения Корсакова, что к работам предполагается привлечь ссыльнокаторжных, личный состав линейных батальонов и флотского экипажа, на заседании комитета решено было сократить их объём. В Де-Кастри постановили выстроить вместо гавани скромную пристань, расчистку речных русел обусловили предварительными изысканиями, отказались от сооружения батарей выше устья Амура. Комитет усомнился также в целесообразности превращения Николаевска в главный военный порт на Тихом океане, учитывая долгую и суровую зиму, сложные и мелководные фарватеры, осложнявшие его использование. По сути дела, к реализации предназначалась лишь та часть плана, которая не требовала особых ассигнований. Своей властью Муравьёв в 1858 году распорядился устроить пристани на Шилке, у станицы Сретенской, и подготовить к сплаву партию из 500 ссыльных, назначенных на сооружение батарей в устье Амура. Расходы на остальные работы оказались не по силам российской казне, истощённой Крымской войной. Даже начатое было строительство укреплений к 1862 году заглохло.
Незадолго перед тем Россия окончательно приобрела на юге своей дальневосточной окраины территорию, без существенных изменений сохранившуюся и по сей день. Следует отметить, что Министерство иностранных дел первоначально собиралось провести границу от верховьев реки Уссури, в 1858 году описанной экспедицией М.И. Венюкова, до побережья Японского моря напрямую, оставляя залив Посьета Китаю. Однако 10 ноября 1858 года Муравьёв-Амурский написал князю Горчакову о необходимости смещения границы к югу, до корейской территории. В этом смысле и была дана генерал-губернатором директива разграничительной комиссии, возглавляемой обер-квартирмейстером войск Восточной Сибири, подполковником К.Ф. Будгосским. Весной 1859 года комиссия прибыла на озеро Ханка, положив начало посту Турий Рог, и приступила к изысканиям, не дождавшись китайских коллег. В июне топографические работы завершились, и Будгосский взялся за оформление карты пограничной полосы.
Потребность в ней назрела, ибо к тому времени в Пекин прибыл чрезвычайный посланник, генерал-майор Н.П. Игнатьев, талантливый дипломат, успевший заключить выгодное для России соглашение с бухарским ханом. Он перешёл китайскую границу с караваном «Литтихских штуцеров», обещанных цинскому правительству Путятиным, ещё в апреле, но до 12 мая был задержан в Урге. Между тем, обстановка в Дайцинской империи резко изменилась. Волокита китайцев спровоцировала представителей держав на попытку летом 1859 года силой добиться выполнения Тяньцзиньских соглашений. Сформировав эскадру из 16 судов под командованием адмирала Д. Хоупа, с 1200 десантниками, они направились к устью Пейхо. Однако усвоив жестокие уроки прошлогоднего штурма Дагу, китайцы приготовились дать им отпор. 13 (25) июня семь британских канонерских лодок обстреляли форты, но ответным огнём четыре из них были потоплены35
. Союзникам пришлось отступить.