Как отмечал ещё в начале года новый директор Азиатского департамента Ковалевский, интересы России в Китае отличались от интересов западных держав, с которыми она сама находилась далеко не в лучших отношениях. Поэтому Министерство иностранных дел постаралось через главу Русской духовной миссии в Пекине, архимандрита Палладия, разъяснить Трибуналу внешних сношений характер посольства Путятина33
. Из чрезвычайных послов адмирал был переименован в императорские комиссары, а очередная инструкция от 24 декабря 1857 года напоминала ему о необходимости преследования исключительно отечественных интересов. Тогда же лечившегося за границей Муравьёва вызвали в Петербург и предписали приступить к переговорам с хэйлунцзянским цзянцзюнем. Обстановка для таких переговоров складывалась благоприятная, так как англофранцузская интервенция и восстание тайпинов заставляли китайские власти прилагать все усилия к полюбовному соглашению с Россией. Весной 1858 года Муравьёв прибыл на Амур с превосходным помощником, приставом духовной миссии, статским советником П.Н. Перовским. 10 мая российская делегация выехала из Усть-Зейского поста в Айгун, где сё ожидал цзянцзюнь И Шань. Первое заседание, состоявшееся 11 мая, лишь подтвердило разницу во взглядах сторон, как на принципиальные вопросы разграничения, так и на второстепенные. Муравьёв не стал продолжать прения, а передав И Шаню составленный Перовским по его указаниям проект соглашения, уехал. Дальнейшие переговоры вёл с сопровождавшими цзянцзюня лицами Перовский, умело пользовавшийся своим знанием уязвимых мест в позиции цинского правительства.После горячих споров, китайцы согласились отдать левый берег Амура до самого моря, оставив за собой правый до впадения Уссури. Земли от Уссури до морского побережья и корейской границы они побоялись уступить, не зная точно пределов владений правящей династии, и эта территория осталась не разграниченной. В последний момент И Шань испугался ответственности, но подоспевший Муравьёв заявил ему, что не потерпит ни волокиты, ни изменения трактата. 16 мая Айгуньский договор был подписан, а 18-го отправлен в Петербург. Спустя две недели, 1 июня, в Тяньцзине Посьет подписал с уполномоченными Гуй Ляном и Хуа Шаном договор, урегулировавший общие проблемы разграничения и торговли. Взамен Россия должна была поставить Китаю 10.000 ружей, артиллерию и направить военных советников. 18 июня китайцы подписали соглашение с американским посланником У. Ридом, а 26—27-го с английским и французским, лордом Эльджином и бароном Гро. Согласно условиям последних, державы получали право на постоянное дипломатическое представительство в Пекине и наибольшее благоприятствование в торговле, для которой открывались порты на реке Янцзы — Чжэньцзян, Цзюцзян, Ханькоу и маньчжурский Нючжуан. Однако утвердить эти соглашения пинское правительство не торопилось, в отличие от Айгуньского, ратифицированного 2 июня.
Вместе с тем, китайцы откладывали высылку на Амур разграничительной комиссии, из-за чего статьи Айгуньского договора оставались благими пожеланиями. Правда, на освоении Приамурья русскими такая политика не сказалась. 19 июля 1858 года губернатор Приморской области Корсаков доложил Муравьёву о переселении на амурские берега, от Усть-Стрелки до Малого Хингана, всех шести сотен конного полка. Впрочем, вскоре выяснилась необходимость поселить ещё две сотни, разделив казаков на два полка четырехсотенного состава. 5 сентября Муравьёв донёс великому князю Константину Николаевичу об окончании переселения, а 26-го представил проект Положения об Амурском казачьем войске, согласно которому оно включало помимо двух конных полков два пеших батальона пятиротного состава, кадровый и резервный34
. На войско, заселявшее левый берег Амура и правый — Уссури, возлагалась охрана границы с Китаем и поддержание сообщения вдоль неё. Вооружались казаки драгунскими винтовками, шашками и пиками. Резервный пеший батальон получил из Забайкалья кремнёвые ружья. 8 декабря была учреждена Амурская область с центром в Благовещенске, первым губернатором которой стал генерал-майор Н.В. Буссе. 29 декабря состоялось высочайшее повеление об образовании Амурского войска, но Положение о нём было утверждено лишь 1 июня 1860 года.