В образовательную программу будущих командиров корпусов и армий входил целый ряд наук, предназначение которых в формировании личности военачальника неоспоримо. Управлять огромными массами войск, насыщенных вооружением и техникой, невозможно без оперативно-стратегического кругозора, без знания тактики высших соединений, без глубокого осмысления военной истории. Во время учебы В. Ф. Маргелова «идеологическая подкованность» слушателей определялась знанием марксистско-ленинской философии. Среди множества учебных предметов В. Ф. Маргелов выделял курс стратегии, кафедру которой возглавлял генерал-лейтенант Е. А. Шиловский. Чудом уцелевший в армейской чистке 1937–1938 годов, доктор военных наук, профессор, он стремился, чтобы слушатели воспринимали само понятие «стратегия» не как нечто застывшее, неизменное, а умели проводить параллели: войска и политика, научно-технический прогресс и вооружение, военная наука и способы вооруженной борьбы. Очень многое почерпнул у видного ученого Василий Филиппович и, уже будучи командующим Воздушно-десантными войсками, ставшими стратегическим родом войск, добивался от Штаба не только тщательной разработки операции, но и Увязки ее с политической обстановкой, с оперативными возможностями собственных и приданных сил.
Не следует полагать, что академия растила кабинетных теоретиков, оторванных от процессов, происходивших в Вооруженных Силах СССР. Генеральный штаб неизменно приглашал «академиков» на командно-штабные игры, размах их заставлял напряженно работать воображение, принимать взвешенные и оправданные решения, иногда идти на оправданный риск. Ежегодно слушатели на целый месяц отправлялись в Ленинградский военный округ, где принимал деятельное участие в разработке планов крупных учений, в которых назначались либо посредниками, либо помощниками командиров корпусов, начальников штабов армий. Для В. Ф. Маргелова это время было особенно плодотворны. Ведь с Ленинградом его связывали теплые воспоминания о фронтовых друзьях, месяцы нечеловеческого напряжения горечь потерь и непоколебимая вера в победу. Город вновь ожил и поднимался из руин, а афиши театров зазывали зрителей на премьеры. Ну как тут устоять!
Искренне влюбленный в театр, Василий Филиппович с завистью глядел на завсегдатаев. Стать театралом не позволяла занятость по службе. Но как только появлялось «окно» в жестком распорядке, всей семьей отправлялись на спектакль. Не зря назначение в Ленинградский военный округ многие выпускники академии расценивали как подарок судьбы. Мечтал об этом и Маргелов.
Невольно складывается впечатление, что выпускные аттестации слушателей военной академии написаны словно под копирку. Не балует глубиной и характеристика генерал-майора В. Ф. Маргелова.
«Тов. Маргелов, дисциплинированный, волевой, решительный и в строевом отношении хорошо подготовленный генерал. Обладает усидчивостью и напористостью в работе. Здоров. Политически и морально устойчив. Скромный в быту и хороший товарищ. Принимал активное участие в партийно-коммунистической жизни курса. Неоднократно делал доклады по предприятиям города Москвы с хорошей оценкой слушателей». Выводы: «Достоин занятия должности командира стрелковой дивизии или заместителя начальника штаба армии».
Случаи, когда «академики» после окончания обучения направлялись на прежние должности, были единичны. Как правило, генералы уходили на повышение. Маргелов не составлял исключение, и генерал-лейтенантская должность была ему обеспечена. Но дело приняло неожиданный оборот. При разработке перспектив дальнейшего укрепления и развития Вооруженных Сил страны, когда в Минобороны речь зашла о Воздушно-десантных войсках, выяснилось, что вся система их подготовки держится либо на боевом опыте командиров, либо на энтузиазме. Единственное военно-учебное заведение, в котором по-настоящему готовили офицеров-десантников, перебравшись из Куйбышева в подмосковное Нахабино, в конце 1943 года прекратило свое существование. Курсы усовершенствования офицерского состава ВДВ, обосновавшиеся в Рыбинске, лишь в малой степени возмещали потребности войск в квалифицированных кадрах. Воздушно-десантное училище в городе Фрунзе (Бишкек), образованное в 1946 году, а затем переведенное в Алма-Ату, по сути, латало дыры в нижнем и среднем офицерском звене. Академическая наука о применении воздушных десантов с тридцатых годов не сдвинулась с мертвой точки.