Почти десять лет спустя Яков вновь написал настоятелю: «Мы распорядились, чтобы ее упомянутое тело, ныне похороненное в нашей кафедральной церкви в Питерборо, должно быть перенесено в Вестминстер». Демонстрируя прекрасную память и не упуская возможности сэкономить, король настоял на том, чтобы во время перемещения использовали тот же самый бархатный покров. Яков уже приказал соорудить мраморное изображение Елизаветы на ее надгробии в приделе погребальной капеллы Генриха VII в Вестминстере. Генрих VII предназначал капеллу для себя самого и своей жены, Елизаветы Йоркской; ее архитектором был Роберт Вёрчью, а в интерьере доминирует великолепное королевское надгробие, сделанное Торриджано. Елизавета Тюдор лежала в безымянной могиле до тех пор, пока Яков не решил почтить ее память надгробием из белого мрамора. Вырезанная Максимилианом Колтом и позолоченная Иоханном де Критцем каменная Елизавета лежала, усыпанная жемчугами и другими драгоценностями, держа в руках символизировавшие ее власть и могущество державу и скипетр.
Теперь Яков приказал Виллему и Конелиусу Куру создать скульптурное изображение своей матери, которое должно было быть помещено в противоположном приделе. В отличие от Елизаветы, держащей в руках символы королевской власти, Мария Стюарт лежит со сложенными, словно в молитве, руками. Она вновь в высоком вдовьем чепце и королевском платье. Хотя у ее ног размещен лев Шотландии, ее изображение больше напоминает аббатису, нежели королеву. Памятник Марии — «большего размера, словно бы для обозначения превосходства матери перед предшественницей, жертвы над палачом».
В сентябре 1612 года тело Марии в большом свинцовом гробу было наконец перенесено из Питерборо и захоронено в Вестминстерском аббатстве. Все подробные распоряжения Марии о захоронении ее во Франции рядом с семьей были проигнорированы. Ей предстояло упокоиться в протестантской церкви, всего в нескольких ярдах от своей кузины Елизаветы. Надежда Марии на то, что «мне не найдут место рядом с королями, вашими предшественниками», оказалась тщетной. Нужно, впрочем, отдать должное Якову I — он, вполне возможно, вообще не знал о том, что она высказывала такое пожелание.
Могила Марии неизбежно превратилась в центр притяжения для католиков, и начали распространяться слухи о совершавшихся там чудесах. По прошествии тринадцати лет католический апологет Уильям Демпстер, никогда эту могилу не посещавший, писал из Болоньи: это место «полнилось чудесами». Начиная с того момента, как тело Марии упокоилось в запертом зале в Фотерингее, люди начали молиться о ее заступничестве как можно ближе к гробу, однако людей, молившихся ей в Вестминстере, прогоняли.
В 1750 году Генри, кардинал Йоркский[140], — брат прямого наследника Марии принца Чарли — просил папу Бенедикта XIV о ее канонизации. Хотя Бенедикт XIV был известен как «просвещенный» папа, а Мария продемонстрировала «великодушие и христианскую любовь» в час смерти, что квалифицировало ее как мученицу, Рим счел, что ее дело не может продвинуться, пока не будет найдено убедительное доказательство ее невиновности в убийстве Дарнли и прелюбодеянии с Босуэллом. Святые Петр, Павел, Августин и Игнатий Лойола были грешниками, прощенными Ватиканом и канонизированными, поэтому отказ Святого престола даровать необходимое прощение Марии не может рассматриваться исключительно в теологическом контексте. Чтобы даровать прощение, нужно признать виновность Марии; если отказаться признать его необходимость, следует заявить о ее невиновности. Каждое из этих решений было чревато политическими осложнениями.
В 1887 году, на трехсотлетнюю годовщину казни Марии, к папе Льву XIII обратились вновь, на этот раз после хорошо организованной кампании, возглавлявшейся не кем иным, как королевой Викторией, «проявлявшей энтузиазм в отношении своей великой предшественницы в благодарность за то, что она не происходила от королевы Елизаветы». Риму предложили канонизировать Марию и еще сорок других мучеников-англичан. Кардинал Мэннинг, а также глава незадолго до того воссозданного католического диоцеза Сент-Эндрюс и Эдинбург архиепископ Уильям Смит при поддержке английских иезуитов возглавил кампанию, состоявшую из речей и выставок, хотя главный католический пэр Англии герцог Норфолк выступил против канонизации. Кампания захлебнулась в 1892 году после смерти кардинала Мэннинга и архиепископа Смита; в результате к 1902 году Мария была единственной кандидатурой, и дело застопорилось. Ватикан уверяет, что «ее дело все еще открыто». Предложение отметить 400-летнюю годовщину ее казни выпуском марки с ее портретом было также отвергнуто.
Место ее могилы в Питерборо, так же как и могила Екатерины Арагонской, было осквернено солдатами Кромвеля в годы гражданской войны в Англии. Сейчас это место обозначено флажками, преподнесенными собору Каледонским обществом Питерборо.