14 сентября 1945 года в соответствии с приказом Наркома ВМФ Н.Г. Кузнецова №-01979
После войны в 1946-1949 годах А.И. Маринеско работал старшим помощником капитана на судах Балтийского государственного торгового пароходства «Сева» и «Ялта», списан на берег по ухудшению здоровья. В 1949-1950 годах работал заместителем директора Ленинградского НИИ переливания крови, но был осужден (по сфабрикованному обвинению) 14 декабря 1949 года на три года лишения свободы по статье 109 УК РСФСР (злоупотребление служебным положением) и Указу Президиума Верховного Совета СССР от 26 июня 1940 года «О переходе на восьмичасовой рабочий день, на семидневную рабочую неделю и о запрещении самовольного ухода рабочих и служащих с предприятий и учреждений». А.И. Маринеско вменили в вину хищение торфяных брикетов, присвоение принадлежащей институту кровати стоимостью 543 рубля и три прогула без уважительных причин, допущенные в ноябре 1949 года. Наказание Александр Иванович отбывал на рыбопромыслах в Находке, а с 8 февраля по 10 октября 1951 года – в Ванинском исправительно-трудовом лагере Дальстроя. 10 октября 1951 года Маринеско досрочно освобождён из мест лишения свободы, а на основании акта амнистии от 27 марта 1953 года судимость с него была снята. Через 25 лет, постановлением Президиума Ленинградского городского суда от 27 апреля 1988 года, приговор народного суда 2-го участка Смольнинского района города Ленинграда от 14 декабря 1949 года и определение судебной коллегии Ленинградского городского суда от 29 декабря 1949 года были отменены и дело в отношении А.И. Маринеско прекращено за отсутствием в его действиях состава преступления. В 1960 году, когда на чаши весов беспристрастно были положены его заслуги и ошибки, А.И. Маринеско восстановили воинское звание «капитан III ранга» и увеличили пенсию. Друзья-подводники называли его Героем. 9 октября 1963 года в Кронштадте А.И. Маринеско, как лучшему из лучших, был вручен традиционный поросенок в знак призвания его прошлых побед.