Если при его послевоенных предшественниках, Булганине, Василевском и Жукове, Советская армия все еще оставалась армией Второй мировой войны, пусть и получившей в свое распоряжение более мощные средства борьбы, вроде ракет, реактивных истребителей и ядерных бомб, то при Малиновском армия стала на самом деле современной, новой не только по вооружению, но и по тактике и стратегии. Упор был сделан на ракетно-ядерные вооружения, а во флоте — на атомные подводные лодки. Новый министр обороны приоритетное значение также придавал развитию радиолокации и, что было новым для советских вооруженных сил, развитию систем управления и снабжения. При этом, стоит заметить, никакого специального образования Родион Яковлевич не имел. Его технические познания ограничивались тем, что он усвоил в академии еще в конце 20-х годов. Однако Малиновский оказался готов вполне правильно оценить перспективы использования новых систем вооружения и связи и дал зеленый свет их внедрению в войска. Много внимания новый министр уделял системам управления войсками. В высшем звене он внедрил автоматизированные системы управления, использовал также новые средства связи в тактическом звене.
В бытность Малиновского министром обороны была введена единая организация мотострелковой, танковой и воздушно- десантной дивизий.
Формальный паритет с США по числу носителей и ядерных боеголовок был все же достигнут не в то время, когда он был министром обороны, а немного позже, в 70-е годы. Но именно при Малиновском советские стратегические ядерные силы обрели такой потенциал, с которым можно гарантированно нанести неприемлемый ущерб любому возможному противнику.
При Малиновском в должности министра обороны США начали широкомасштабную военную интервенцию во Вьетнаме. Советский Союз поддержал вооружением, боевой техникой и советниками коммунистический Северный Вьетнам, который, в свою очередь, оказывал помощь партизанам Южного Вьетнама. Генерал Г.И. Обатуров 22 января 1966 года зафиксировал в дневнике выступление Малиновского на Главном военном совете, ставшее для маршала последним: «Вчера был первый день заседания Гл. ВС. На заседании были Брежнев, Косыгин, Подгорный, Устинов, Малиновский, все руководство МО и с мест: я, Дмитриев, Якубовский, Головнин.
Малиновский сделал доклад о состоянии боеготовности, оперативной и боевой подготовки. За три года после последнего заседания ВС Вьетнам стал полигоном для испытания различных видов оружия, в т. ч. химического. Нет гарантии, что там не применят тактическое ядерное оружие. Мы полагаем, что это будет Северный Вьетнам. Европа — главный очаг опасности. Здесь основную роль играют США вкупе с ФРГ. Блок имеет 50 дивизий, 1100 установок и орудий атомных, 3500 самолетов, в т. ч. 1100 носителей. В составе НАТО 12 дивизий ФРГ. Она претендует на особую роль в НАТО в реваншистских целях. США большое внимание уделяет наращиванию стратегических ядерных сил для всеобщей ядерной войны: стоят 850 стратегических ракетных установок, кроме того “Полярис” 350 на ПА, вводятся новые стратегические бомбардировщики. Готовят внезапный удар. Высочайшая степень готовности ракет. Увеличивается готовность и численный состав обычных сил. Так, СВ увеличились в 1965 на 235 тыс. человек, особенно армейская авиация и аэромобильные соединения. Это позволяет развязать войну без существенных мобилизационных мероприятий и в то же время вести ограниченные войны. Отсюда делать выводы и [увеличивать] боевую готовность ВС к войне независимо от того, как она начнется: с применением ядерного оружия или нет. Затем он дал анализ состояния боевой готовности. За последние годы главные усилия сосредоточились на развитии решающего вида — РВ стратегического назначения. Одновременно продолжалось развитие и других видов. Выправляются ошибки, устанавливаются тесные отношения и боевое сотрудничество с армиями стран Варшавского договора. Указал на недостаточность секретности, проявляется беспечность в сохранении тайн. Недостаточно военно- патриотическое воспитание. Много приходит плохо воспитанными морально и физически. И т. д.».
Затем Геннадий Иванович кратко передал, о чем говорилось во второй день заседания Главного Военного совета: «Сегодня — второй день. Говорили по вопросам внешней политики, об отношениях с соцстранами. Отношения даже с Румынией улучшились. То же с Кореей. С Китаем не продвинулись, наоборот идем назад. Нужно добиться изоляции китайского руководства. Помощь Вьетнаму очень дорогая, но необходимая. Чем кончится — трудно сказать, но США не добьется успехов. Что не пошли на переговоры южновьетнамские товарищи — это ошибка. А уйти США трудно — ведь кто потом в них будет верить?»
Из этой записи видно, что с Китаем, в отличие от Румынии и даже Северной Кореи, советское руководство в лице Брежнева сближаться не хотело, а ставило лишь цель изоляции китайского руководства на международной арене, и прежде всего — среди коммунистических партий.