30 августа 1893 года Бунин, наконец, получил искомый чин полковника, и, как обычно, «вне правил». До этого он неоднократно представлялся к этому чину, но здесь требовалось согласие Военного министерства, а оно возражало под тем предлогом, что ни один из подполковников, произведенных в одно время с ним в этот чин и находящихся на военной, а не на гражданской службе, до сих пор не получил чин полковника в порядке выслуги, а не за отличие. Но протекция Победоносцева преодолела и это препятствие.
Несмотря на его конфликты с генералами, 22 ноября 1895 года Бунин был причислен к МВД «с откомандированием в распоряжение Одесского градоначальника для исполнения обязанностей на той же должности».
Яков Иванович Бунин имел следующие русские награды: ордена — Св. Владимира 3-й и 4-й степени, Св. Анны — 2-й степени, Св. Станислава — 2-й и 3-й степени, 2 перстня с императорским вензелем, серебряные медали за оборону Севастополя и в память царствования императора Александра III и бронзовую — за Восточную войну 1853–1856 годов. Кроме того, он был награжден иностранными орденами: командорским крестом греческого ордена Спасителя (тут его не забыла греческая королева), персидским орденом Льва и Солнца 2-й степени, турецким орденом Меджидие 3-й степени, итальянским офицерским крестом ордена Короны, бухарским орденом Восходящей Звезды, золотым (был пожалован во время путешествия эмира Бухарского по России в 1893 году) абиссинским орденом Меча Соломона 2-й степени и болгарским орденом Св. Александра 3-й степени. Тут сказалось наличие в Одессе многочисленных иностранных консульств. Кроме того, иностранные монархи во время визитов в Россию часто посещали Одессу.
В 1898 году, как и в предыдущем, полицеймейстер не был в отпуску, хотя до этого и в последующем отпуск регулярно брал. Это могло быть связано с его романом с Варварой Малиновской.
Бунин стал чаще болеть. 1 июня 1899 года он подал прошение об отпуске по болезни на два месяца в России и за границей и о назначении ему пособия на лечение в 500 рублей. Разрешение было дано, но пособие не назначили из-за отсутствия в казне свободных средств.
В связи с этим прошением была составлена справка о Бунине, где говорилось:
«Исправляющий должность Одесского Полицеймейстера, полковник Бунин состоит на государственной службе 41 1/2 лет, из коих более 27 лет в полицейских должностях, при чем 17 лет в настоящей должности.
Содержания получает в год:
Жалованья — 1500 р., столовых — 1500 р., квартирных — 1000 р., на разъезды — 1000 р., пенсии из комитета о раненых — 103 р. 95 к. Всего 5103 р. 95 коп.
Бунин имеет жену и 5 человек детей в возрасте от 21 до 27 лет.
Ходатайство Одесского градоначальника о пособии на лечение полковнику Бунину, ввиду получаемого им значительного содержания, в апреле 1890 года было отклонено».
Очевидно, расстроенное здоровье заставило Якова Ивановича подумать о выходе на пенсию. Но хлопоты о ней затянулись. В феврале 1901 года, в связи с предстоящим выходом на пенсию, на Бунина в одесском градоначальстве была составлена новая, более подробная справка:
«Причисленный к Министерству внутренних дел исполняющий обязанности Одесского полицеймейстера (VI класс) полковник Бунин, 63 лет (значит, Яков Иванович родился, скорее всего, в 1837 году), прослужил свыше 43 лет, в том числе 18 лет в последней должности; имеет право на пенсию полного оклада III разряда 2-ой степени по 428 руб. 85 копеек в год; усиленная же пенсия, по преподанным Комитетом министров правилам, может быть ему испрошена в размере 2/3 производящегося ему по должности содержания, подразумевая под оным 1500 руб. жалованья, 1500 руб. столовых денег (квартирные 1000 руб. и разъездные 1000 руб., присвоенные по штату той же должности, в расчет не принимаются), а именно 2000 руб. в год; получает пенсию из комитета о раненых по 103 руб. 95 коп. в год; право на военную эмеритуру может быть выяснено только сношениями с канцелярией Военного Министерства.
Женат, дети совершеннолетние, владеет в Борисоглебском уезде Тамбовской губернии недвижимым имением в количестве 281 десятин земли.
Бунину, согласно положению Наградного Комитета, ВСЕМИЛОСТИВЕЙШЕ пожалован был в 30-й день августа 1893 года чин полковника вне правил. Поэтому и ввиду примеч. ст. 40 кн. 8. Св. Воен. Пост. изд. 1889 года, по которой штаб-офицеры, произведенные в чин полковника на службе в гражданском ведомстве, не производятся в чин генерал-майора при отставке, но могут быть переименованы в соответствующий гражданский чин по правилам, существующим для гражданских чинов, полковник Бунин не может быть переименован в чин генерал-майора при отставке.