С декабря 1944 года повстанцы активизировали свою деятельность. К весне 1945 года их численность достигла 30 тысяч человек. Движение носило в основном разрозненный характер, отличалось большой автономией различных отрядов и их независимостью от руководящего центра. Сопротивление выражалось в форме террористических актов по отношению к партийным и советским работникам на местах, пропагандистам и агитаторам, ответственным за проведение коллективизации, рядовым литовцам, заподозренным в сотрудничестве с новыми властями. Не случайно с 1944 года до окончательного подавления повстанчества (в 1956 году) в Литве из 25 108 человек убитыми и 2965 человек ранеными, более 23 тысяч человек были литовцами. Свои били своих.
В результате усиления оперативно-боевой деятельности войск, дислоцированных в Литве (по имеющимся данным, около 50 тыс. чел.), за декабрь 1944 — январь 1945 годов ими была проведена 841 чекистско-войско-вая операция, в ходе которых были убиты 27 923 повстанца, захвачено в плен — 4177 чел., сдались Красной Армии — 161 чел., были задержаны войсковыми нарядами — 777 чел., явились добровольно в советские комендатуры — 702 чел. При этом было арестовано 2613 «литовских и польских националиста», поймано более 70 «немецких ставленников, предателей, агентов и шпионов», задержано 46 немецких парашютистов и 189 дезертиров Красной Армии. Число задержанных «уклонистов» от призыва составило 15 170 чел. Было изъято большое количество оружия, боеприпасов и «нелегальной литературы». При этом советские войска потеряли 42 чел. убитыми и 94 — ранеными.
Не следует также забывать и о борьбе с забрасываемыми в тыл Красной Армии немецкими разведывательно-диверсионными группами. Так, с ноября 1944 года до середины февраля 1945 года на территории Литвы про-тиводиверсионными формированиями Красной Армии и НКВД было ликвидировано 4045 человек. В борьбе с ними советские войска потеряли 151 человека.
В борьбе с националистическими вооруженными формированиями в годы войны Внутренние войска провели 9292 боевые операции, итогами которых стали ликвидация 47,5 тыс. бандитов и захват около 100 тысяч. В боях с бандами войска потеряли убитыми и ранеными 4787 человек.
Не все подразделения войск НКВД вступили в бой с противником утром 22 июня 1941 года. Многие дивизии находились в центре и на востоке СССР. Хотя большинство военнослужащих в тылу находились недолго. Уже 29 июня 1941 года в Ставке Главного Командования было принято решение об отправки их на фронт.
«Приступить немедленно к формированию 15 дивизий, из них 10 стрелковых и 5 моторизованных. На формирование дивизий использовать часть кадров начальствующего и рядового состава пограничных и внутренних войск НКВД.
Недостающий личный состав покрыть из запаса.
Формирование дивизий возложить на народного комиссара внутренних дел тов. Берия Л. П.
Начальнику Генерального штаба Красной Армии обеспечить формирование дивизий людскими и материальными ресурсами и вооружением по заявке НКВД».
В тот же день был издан Приказ НКВД СССР № 00837 о формирование пятнадцати стрелковых дивизий войск НКВД для передачи в действующую армию. Вот цитата из этого документа: «…3. К формированию дивизий приступить немедленно и развернуть: 243-ю стрелковую дивизию, 244-ю стрелковую дивизию, 246-ю стрелковую дивизию, 247-ю стрелковую дивизию, 249-ю стрелковую дивизию, 250-ю стрелковую дивизию, 251-ю стрелковую дивизию, 252-ю стрелковую дивизию, 254-ю стрелковую дивизию, 256-ю стрелковую дивизию, 15-ю горнострелковую дивизию, 16-ю горнострелковую дивизию, 17-ю горнострелковую дивизию, 26-ю горнострелковую дивизию, 12-ю горнострелковую дивизию (Вместо горнострелковых дивизий на территории Московского военного округа были сформированы 257, 262, 265, 266-я и 268-я стрелковые дивизии. —
4. На формирование указанных выше дивизий выделить из кадров войск НКВД по 1000 человек рядового и младшего начальствующего состава и 500 человек командно-начальствующего состава на каждую дивизию. На остальной состав дать заявки в Генеральный штаб Красной Армии на призыв из запаса всех категорий военнослужащих.
5. Сосредоточение кадра, выделяемого из войск НКВД, в пункты формирования закончить к 17 июля 1941 г…»