Однако новая война, теперь уже с Пруссией, заставила Ланна покинуть родной город, и в сентябре 1806 г. он возглавил 5-й корпус Великой армии. С этим корпусом маршал участвовал в сражении у Йены, где действовал с такой же храбростью и решительностью, с какой поступал всегда и везде. Однако в бюллетене Великой армии благодаря интригам тщеславного Мюрата вновь не было практически ни слова о вкладе Ланна. В письме супруге Луизе маршал сетовал на неблагодарность Наполеона, который верил сплетням интригана Мюрата. Участвуя в преследовании разбитой у Йены и Ауэрштедта прусской армии, Ланн во многом способствовал тому, что Мюрат заставил капитулировать войска князя Гогенлоэ у Пренцлау. Скорость движения пехоты Ланна была такова, что солдаты 5-го корпуса прибыли к Пренцлау спустя короткое время после появления там кавалеристов Мюрата. Однако все лавры этой капитуляции присвоил себе Мюрат. В рапортах Наполеону он заявил, что пехота Ланна двигалась слишком медленно и ему приходилось рассчитывать только на свои силы. Мюрат как никто другой умел «тянуть одеяло на себя», когда дело касалось воинских лавров.
Осенью 1806 г. Ланн писал жене: «Кажется, что мы двигаемся на Берлин. Если мы останемся там на зиму, я пошлю за тобой». Однако эта надежда не осуществилась, так как сразу после взятия прусской столицы французы двинулись в Польшу, где находились союзники Пруссии – русские войска.
Ланн столкнулся с русскими под Пултуском. Французы предполагали, что там могут находится только незначительные силы неприятеля. Однако на деле оказалось, что против 20–28 тыс. французов при 120 орудиях под Пултуском располагались 45 тыс. человек с 200 пушками под общим началом 61-летнего молодцеватого генерала от кавалерии Беннигсена.