Министр внутренних дел впредь категорически запретил применение к арестованным каких-либо мер принуждения и физического воздействия и потребовал при производстве следствия строго соблюдать нормы уголовно-процессуального кодекса. В тюрьмах — Лефортовской и внутренней МВД ликвидировались организованные руководством бывшего МГБ СССР помещения для применения к арестованным физических мер воздействия, а все орудия, посредством которых осуществлялись пытки, уничтожались. Берия предупредил подчиненных, что впредь за подобные нарушения к строжайшей ответственности, вплоть до предания суду, будут привлекаться не только непосредственные виновники, но и их руководители.
Следует отметить, что президиум ЦК КПСС специальным постановлением одобрил «проводимые тов. Берия Л. П. меры по вскрытию преступных действий, совершенных на протяжении ряда лет в бывшем Министерстве госбезопасности СССР, выражавшихся в фабриковании фальсифицированных дел на честных людей, а также мероприятия по исправлению последствий нарушений советских законов».
К этим мерам органично примыкает и отмена Военной коллегией Верховного суда СССР — по инициативе МВД — приговора по так называемому «авиационному делу», в соответствии с которым в 1946 г. были осуждены нарком авиационной промышленности А. А. Шахурин, командующий ВВС Советской Армии А. А. Новиков и ряд других лиц.
Проведенная по указанию Берии проверка показала, что бывший начальник Главного Управления контрразведки «Смерш» Абакумов (позднее — министр госбезопасности) и его подчиненные М. Т. Лихачев и В. И. Комаров в апреле 1946 г. сфабриковали обвинения в адрес Шахурина, Новикова и других лиц, привлеченных по делу: те якобы умышленно наносили вред авиации Советской Армии, поставляя на вооружение самолеты и моторы с большим браком или серьезными конструктивными и производственными недоделками. На основании сфальсифицированных материалов Абакумов оклеветал этих лиц в глазах Сталина и добился разрешения на их арест.
В застенках арестованным довелось испить чашу страданий до дна. Тем более, что они оказались важными фигурами в более масштабной игре — против секретаря ЦК Маленкова, отвечавшего в годы Великой Отечественной войны за авиационную промышленность. Интриганам удалось подорвать доверие Сталина к Маленкову, который был снят с поста секретаря ЦК и попал, правда, временно, в опалу. А Шахурин и его товарищи по несчастью Военной коллегией были осуждены к лишению свободы на разные сроки.
Теперь же, после официального обращения Берии приговор в отношении осужденных по этому делу был отменен, и уголовное дело на них за отсутствием состава преступления прекращено. По ходатайству министра внутренних дел все незаконно осужденные были восстановлены в партии, им вернули воинские звания, государственные награды, в том числе главному маршалу авиации Новикову две звезды Героя Советского Союза, генерал-полковнику авиации Шахурину — звезду Героя Социалистического Труда.
Ложным будет представление, будто Берия шел триумфальным маршем. Привыкшие за долгие годы лишь слепо исполнять приказы вождя большинство его сподвижников просто боялись смелых, неординарных шагов в политике. Неприятие партийным аппаратом многих мер по восстановлению законности проявлялось сплошь и рядом. Берии, например, с трудом удалось убедить коллег по президиуму ЦК КПСС в необходимости опубликовать в «Правде» специальное коммюнике о полной реабилитации лиц, арестованных по делу «врачей-вредителей». Грешить правители были всегда готовы, а вот каяться да еще публично ну никак не желали. Вот как проговорился по этому поводу на июльском пленуме секретарь ЦК КПСС Н. Н. Шаталин: «Надо сказать, что все это на нашу общественность произвело тягостное впечатление. Ошибка исправлялась методами, принесшими немалый вред интересам нашего государства».
К слову, снятый было за усердие в деле «врачей-вредителей» с поста секретаря Центрального Комитета партии Игнатьев после июля 1953 г. вновь был возвращен в ЦК: месть «дорогих товарищей» падшему «Лаврентию» оказалась, как видно, сильнее продекларированной милости к невинно пострадавшим медикам.
Случались вещи и похуже. Министерство внутренних дел СССР подготовило и направило на имя Маленкова и Хрущева представление с предложением амнистировать всех осужденных внесудебными органами, прежде всего «тройками». Другим представлением предлагалось ограничить компетенцию Особого совещания при министре (тоже внесудебного органа чрезвычайного назначения, служившего инструментом массовых репрессий) правом заключения в лагерь сроком до 10 лет. Однако при обсуждении этого вопроса на заседании президиума ЦК КПСС Хрущев, придравшись к формальности, при поддержке Молотова и Кагановича выступил категорически против.