Не прекращалась и борьба с сектантскими ересями, носившими общее название “анабаптизм”, хотя среди сектантов были люди самой различной религиозной и социальной окраски – одни были мистиками, другие – коммунистами, третьи – тем и другим вместе; были и скептики, и люди, отрицавшие божественность Христа, и так далее. После смерти Мюнцера и неудачи крестьянского восстания анабаптисты перенесли свою деятельность в города, где находили многочисленных приверженцев среди пролетариата. В 1535 году им даже удалось на время овладеть Мюнстером и устроить в нем пародию на царство Божие. Лютер написал немало брошюр против этих Schwarmgeister, которые в то же время ревностно преследовались властями как протестантских, так и католических стран. Но еще больше, чем эти секты, причиняли ему забот и огорчений несогласия в собственном лагере, вызванные различным пониманием догмата об евхаристии. Первым, кто разошелся с Лютером по этому вопросу, был тот же неугомонный Карлштадт, которого с тех пор – впрочем, и не за одну эту “ересь” – реформатор преследовал своей непримиримой ненавистью. Но гораздо серьезнее была борьба со швейцарским реформатором, в 1524 году выставившим такое учение об евхаристии, которое встречало повсюду самый сочувственный отклик.
Гуманистически образованный и более последовательный в своей деятельности Цвингли, еще раньше Лютера начавший проповедовать в Цюрихе об оправдании верой и недействительности папских индульгенций, пришел к своим убеждениям совершенно иным путем, чем германский реформатор. То, что у последнего было результатом мучительной душевной борьбы, у Цвингли явилось плодом добросовестного, чуждого всяких предвзятых идей изучения Св. Писания. В основных пунктах оба реформатора вполне сходились, но в понимании таинств сказалось все различие их характеров. Для Цвингли, отличавшегося более рационалистическим направлением, считавшего искреннюю христианскую веру вполне совместимой с разумом, таинства были только символами. Слово “есть” в тексте “сие есть тело мое” он толковал в смысле “знаменует”, и, таким образом, таинство евхаристии получало у него значение символической трапезы любви в воспоминание искупительной жертвы Христа. Лютер, по его собственному признанию, одно время и сам был близок к подобному пониманию. Но с тех пор, как право толкования Св. Писания, предоставленное всякому человеку, породило самые крайние религиозные учения, он решился не отступать более от буквального смысла Писания. Уже в 1525 году, в брошюре против “небесных пророков”, он объявил, что вера несовместима с разумом, “с этой блудницей дьявола, только позорящей и оскверняющей то, что говорит и делает Бог”, и что “необходимо закрывать глаза и уши и верить”. В данном вопросе всякие толкования казались ему теперь тем более неуместными, что налицо был совершенно ясный текст Писания. Таким образом, несмотря на то, что этим он отчасти приближался к католическому воззрению, Лютер стал толковать слово “есть” в смысле реального присутствия тела и крови Христовой в хлебе и вине евхаристии.
Спор между реформаторами длился долго. Из обоих лагерей вышло много сочинений на эту тему, причем Цвингли вел полемику в спокойном сдержанном тоне, а Лютер становился все более и более резким и заносчивым и постоянно ставил своих противников в один ряд с сектантами и ненавистным ему Карлштадтом. Перевес в полемике склонялся, однако, на сторону Цвингли. Его учение было принято не только на родине, в Швейцарии, но и во многих южногерманских городах. Но что было всего важнее, ему, очевидно, симпатизировал ландграф Филипп Гессенский. Последнему, для устранения соблазна, причиняемого этим расколом, и ввиду надвигающейся опасности от католиков, и пришла в голову мысль привести реформаторов к соглашению путем диспута.
Свидание реформаторов, состоявшееся в Марбурге в 1529 году, осталось, однако, без всяких результатов. Лютер, очень неохотно принявший приглашение на диспут, явился с предвзятым решением не уступать ни на йоту. “Одна сторона должна принадлежать дьяволу”, – говорил он заранее, и уж, конечно, не себя и свою партию мог он причислить к этой категории. В самом начале диспута он написал пред собою на столе куском мела слова: Нос est corpus meum (сие есть тело мое) и, какие бы доводы ни представлял Цвингли, упрямо указывал на эти слова, требуя их буквального толкования.