Зато физические силы неукротимого бойца заметно истощались. Несмотря на свои 62 года, Лютер, правда, еще сохранил свою мужественную осанку с высоко поднятой головой, и тяжелая, полная испытаний жизнь, оставившая отпечаток невыразимой скорби на его дышащем суровой энергией лице, не сумела потушить яркого блеска его удивительных темных глаз. Но сам он уже давно называет себя стариком и горько жалуется, что не может работать по-прежнему. За последние 13 лет Лютер, в сущности, почти никогда не был совершенно здоров, а несколько раз был даже на волосок от смерти. Понятно, что при таком физическом состоянии, не говоря уже о нравственном, трудно было сохранять ровное настроение, тем более человеку с темпераментом Лютера. Особенно страдали от его раздражительности его сотрудники, которых он постоянно – и не без причины – подозревал в отпадении от его учения. Несмотря на свою старость и слабость, он подумывал даже о том, чтобы совершенно уехать из Виттенберга. Еще в июле 1545 года он написал жене с дороги, чтобы она продала все имущество, так как он не хочет больше возвращаться в Виттенберг: он готов лучше ходить с нищенской сумой, чем провести остаток жизни среди такого содома. На этот раз, однако, дело обошлось без скандала. Курфюрст и университет отправили целую депутацию, которой удалось успокоить разгневанного реформатора. Но мысль об отъезде его не покидала.
Она осуществилась даже раньше, чем он ожидал, только на другой манер. Смерть, которую реформатор так часто призывал в последние годы, явилась, наконец, чтобы освободить его от зрелища погибающего мира. В конце января 1546 года Лютер, не обращая внимания на холода и состояние своего здоровья, принял приглашение графов Мансфельд, просивших его быть посредником в одном их семейном споре. Дело он уладил, но из поездки уже не вернулся домой. Реформатор умер 18 февраля в Эйслебене, том самом городе, где он увидел свет; тело же его было перевезено в Виттенберг и погребено с большой торжественностью в той самой дворцовой церкви, к воротам которой он когда-то прибивал свои знаменитые тезисы.
Лютер умер вовремя. Несколько месяцев спустя разразилась Шмалькальденская война, принявшая вначале очень печальный для протестантов оборот. Правда, торжество императора было непродолжительным. Скоро князья вновь объединились для дружного отпора, и Аугсбургский мир 1555 года наконец санкционировал все главные приобретения их за реформационный период. Но этот мир был непродолжителен, и длинный ряд религиозных войн, последовавших за первой, закончился только в 1648 году знаменитым Вестфальским миром.
Оправдалось и другое мрачное предчувствие реформатора. Скоро после его смерти разгорелась война и между теологами. Меланхтон не обладал ни авторитетом, ни энергией Лютера, чтобы поддержать в протестантском лагере прежнее единство, и люди с более независимым умом не стеснялись больше высказывать свои взгляды. По поводу всякого пункта учения поднимался спор за спором, и каждый из них вызывал целую литературу, беспримерную по своей полемической резкости. Князья, как и духовенство, были заражены ортодоксией и не отступали ни перед какими суровыми мерами, чтобы утвердить в своих владениях господство своей доктрины. Профессоров приглашали и увольняли, часто даже изгоняли и сажали в тюрьмы, в зависимости от преобладания той или другой богословской партии. Мало-помалу в университетах систематическое изучение Писания почти прекратилось; изучение догмы ради нее самой царило абсолютно. Таким образом, вместо прежней католической схоластики появилась схоластика протестантская, придерживавшаяся тех же методов.
Дальнейшие успехи реформации в Германии были уже ничтожны. Религиозное одушевление первого периода ее давно остыло. К тому же принцип cujus regio, ejus religio (подданный следует религии своего государя), провозглашенный Аугсбургским миром, в связи с усилением католической реакции имел своим последствием постепенное подавление всех протестантских элементов в странах с католической династией.
Но движение, вызванное Лютером, не остановилось. Из Германии оно проникло в другие страны, утратив свою национальную окраску, и, благодаря мощному организаторскому таланту Кальвина, сумело победоносно выдержать борьбу со всем арсеналом усиленной Тридентским собором католической церкви.