Но это была часть широких политических чисток, имевших особо тяжелые последствия для вооруженных сил. Другое дело та двойственная игра вокруг масонства, в которой деятельное участие принимали с ведома властей силы ОГПУ — НКВД. С одной стороны, власти беспокоила активность остатков прежних масонских организаций. В 1928 году в Ленинграде была ликвидирована ложа «Астрея» во главе с Георгием Оттоновичем Мебесом. Масонофоб Г. Бостунич утверждал: «Я этого Мебеса разоблачил еще в 1920 году, а в феврале 1922 года называл его черным оккультистом и масоном» (Бостунич находился в то время в эмиграции). Бывший преподаватель французского языка в Пажеском корпусе, Мебес являлся главой петербургских «розенкрейцеров-мартинистов». Деятельность ложи была раскрыта с помощью проникших туда чекистов. Основные ее участники были сосланы на Соловки. О процессе над членами масонской ложи сообщили «Ленинградская правда» 5 января 1928 года и «Красная газета» 15 июня того же года.
Как отмечает в своем труде «Мистики, розенкрейцеры и тамплиеры в Советской России» А. Л. Никтин (М., 1998.), в 1910 году делегат французского ордена мартинистов Ч. Фон Чинский, проживая в Петербурге, посвятил в свой орден Г. О. Мебеса. Тот стал Генеральным инспектором его петербургского отделения. Однако, два года спустя Мебес вышел из ордена и заявил о создании Русского автономного ордена мартинистов. После 1917 года орден возглавил Б. В. Астромов-Кириченко, масон с 1909 года, принятый в ложу «Авзония» в Италии.
Но в 1921 году Астромов покинул орден Мебеса и основал собственное «Русское автономное масонство». Он открыл ложу «Трех северных звезд» (позднее переименованную в ложу «Кубического камня»), а также ложи «Пылающего льва», «Дельфина» и «Золотого колоса». На базе этих лож он создал «Великую ложу Астрея». Ее филиал в Москве — ложу «Гармония» возглавил ранее состоявший в ордене Мебеса С. В. Полисадов.
Вскоре после ареста группы Мебеса и Полисадова в 1927 году прошли аресты членов оккультного ордена «Эмеш редивиус». Орден совместно с Академией наук СССР и Институтом по изучению мозга и психической деятельности, ставил опыты по передаче мыслей на расстоянии. Ряд опытов проводился в подвале одного из домов на Малой Лубянке, поблизости от подвалов ОГПУ, где проходили расстрелы приговоренных к смерти. По мнению руководителей кружка, это было идеальное место для «уловления элементалей», стихийных сил космоса, якобы слетающихся на запах крови жертв.
Наряду с этими течениями, связанными с масонством, существовали и другие организации мистического направления. Мы уже упомянули об ордене «розенкрейцеров», где состоял Б. Зубакин. В двадцатые годы, когда он создавался, его возглавлял теоретик магии В. Шмаков, а позже В. Белюстин, которого считали инкарнацией «графа Сен-Жермена», мистической фигуры, считавшейся бессмертной. Сюда примыкал и известный мыслитель П. Флоренский.
Члены лож и орденов нередко меняли свои симпатии, переходили из одной организации в другую в поисках самых «сокровенных» тайн мироздания и общества. При Музее П. Кропоткина, например, после его смерти в 1921 году сформировалась группа анархистов-мистиков. Она стала ядром движения российских «тамплиеров»-рыцарей. В 1920 году на базе своих сторонников-анархистов, теоретик анархизма А. Карелин, соединивший постулаты Кропоткина и Бакунина с гностическими рыцарскими легендами, решил оформить это движение как Восточный отряд ордена тамплиеров. В числе его сторонников были А. Солонович, преподаватель московского вуза и поэт, режиссеры Ю. Завадский, Р. Симонов, В. Смышляев, актер М. Чехов, композитор С. Кондратьев, литератор П. Аренский, искусствовед А. Сидоров, группа «антропософов».
С конца 1923 года орден «тамплиеров» создает филиалы — «Орден Света» и «Храм Искусства» в Москве, «Орден Духа» в Нижнем Новгороде, кружки в Свердловске, Ташкенте, Батуми, на Северном Кавказе. А. Карелин и его друзья поддерживали связи с анархистами и их печатью во Франции и США. Ряд участников ордена подвергался арестам, но их порой удавалось освободить благодаря связям А. Карелина с секретарем Президиума ЦИК СССР А. Енукидзе. Карелин — по матери Лермонтов — был дальним родственником поэта.
Некоторые эпизоды деятельности ордена можно узнать из переписки С. Эйзенштейна с матерью. Орден «тамплиеров» имел 12 степеней посвящения, своими эзотерическими разработками оказывал влияние на известных представителей творческой интеллигенции, в частности на режиссеров Смышляева и Эйзенштейна; художника Никитина при работе над спектаклем «Мексиканец» в театре Пролеткульта, на постановки студии Ю. Завадского (инсценировки по сказкам Э. Гофмана), театра им. Е. Вахтангова (там в ордене состояли Р. Симонов, В. Смышляев, М. Астангов и другие).