Бонифаций предупредил свою паству во Франции, что, если они не приедут в Рим, их ожидают гнев и наказание понтифика. Король со своей стороны пригрозил всякого, кто нарушит его запрет и поедет в Рим, лишить всей собственности во Франции. Несколько французских прелатов рискнули своим достоянием и поехали на собор, но тот не состоялся по причине пустого зала.
Как потом случится еще не раз, король Филипп призвал на помощь особый талант Гийома де Ногаре, которого историки называют то «законником», то «министром», то «агентом» Филиппа. В апреле 1303 г. Гийом выдвинул на Государственном совете Франции идею о непригодности Бонифация к занятию престола Святого Петра. Он объяснил это тем, что Церковь сочеталась браком с папой Целестином V, а Бонифаций совершил адюльтер, похитив у папы его супругу, когда тот еще был жив. Через три месяца де Ногаре положил на стол короля перечень двадцати девяти обвинений папы Бонифация: в ереси, содомии, богохульстве, хищении церковного имущества ради собственного обогащения, разглашении тайн исповеди, убийстве и т. д., включая совсем уже немыслимое обвинение в тайной половой связи с бесом, которого папа якобы содержит в своих покоях. Этот документ был широко оглашен по всей Франции и привлек к королю новых сторонников. Призыв сместить Бонифация со святого трона поддержало большинство аристократии, двенадцать епископов, основная часть младшего духовенства, а также представители Орденов тамплиеров и иоаннитов.
У Бонифация остался последний козырь: он еще в апреле 1303 г. подверг Филиппа строгой мере церковного наказания, отлучив его от Церкви. К большому огорчению папы, этот его шаг вызвал обратное действие во Франции, обозлив французов на Рим и еще больше сблизив их с королем. Тогда в сентябре 1803 г. папа решил наложить церковный интердикт на всю Францию целиком. Это не было полным отлучением от Церкви, но вводило некую цензуру, по которой папа мог запретить совершать таинства крещения, причащения, отпущения грехов и даже заупокойные мессы. Это уже была серьезная угроза Филиппу, чреватая бунтами, а то и широкой революцией. Этот папский интердикт нужно было во что бы то ни стало упредить, и такое королевское задание получил бывалый Гийом де Ногаре. К нему с готовностью примкнул Скьярра Колонна, давно желавший добраться до своего заклятого врага.
Бонифаций намеревался выступить с объявлением своего интердикта в своем родовом имении Ананьи в Италии. В ночь перед этим событием де Ногаре и Колонна, собрав небольшой военный отряд, захватили Ананьи, все немногочисленное население которого в страхе разбежалось. Дворец они наши практически пустым и без труда взяли шестидесятисемилетнего папу в плен. Три дня они терзали старика словесными упреками и физическим воздействием. Колонна даже хотел тут же прикончить Бонифация, но де Ногаре воспрепятствовал. На четвертый день обитатели Ананьи вернулись, чтобы освободить своего папу, и прогнали захватчиков. Папа вернулся в Рим, но физически и морально он был совершенно сокрушен, а через пару недель скончался. Существует предание, что он убил себя, ударяясь головой о каменную стену своей комнаты. По другому преданию, была рука, которая направляла удары его головы о каменную стену.
Ни упреков, ни осуждения за жестокое обращение с понтификом от других монархов Филипп не услышал. Скорее всего, в нем видели борца против папского засилья, от которого все повсеместно страдали. В течение десяти дней без особой суеты и споров избрали преемника Бонифация VIII, выбравшего себе имя Бенедикта XI. Он начал свое правление с попыток примирения с французским королем Филиппом IV и пошел на ряд уступок. Филипп принял уступки, но потребовал еще больших, и отношения с папой стали портиться. Филипп, сохраняя ненависть к бывшему папе, потребовал от Венедикта XI созвать собор, чтобы рассмотреть все обвинения, выдвинутые против его предшественника. Тут Бенедикт взъелся и в июле 1304 г. выступил с горьким укором всем, кто совершал насилие над Бонифацием в Ананьи, и всех виновных в этом отлучил от Церкви. Филипп решил, что придется вступить в бой еще с одним папой, по через несколько недель после осуждения «преступления в Ананьи» папа Бенедикт XI скончался. Некоторые считали, что его отравили по приказу Филиппа.
Далее в поле зрения Филиппа попал человек, который скоро станет главным действующим лицом в ужасающей драме рыцарей-тамплиеров, — архиепископ Бордоский Бернар де Гот. В отношениях между де Готом и Филиппом ничего дружеского не было, больше того — они недолюбливали друг друга. Не было у них согласия и относительно путей разрешения напряженности между Церковью и Францией: де Гот был стойким приверженцем Бонифация и противником Филиппа. Точку соприкосновения они нашли в том, что Филипп хотел иметь управляемого папу, а де Гот больше всего на свете хотел стать папой римским. И они заключили сделку.