Реформация носила в Шотландии народный характер и не могла не отразиться на судьбе доживших до этой эпохи ремесленных братств, каковыми были, прежде всего, масонские ложи. В XVI в. они находились уже в состоянии упадка: реформация влила в них новую жизнь и привлекла к ним внимание высших классов, которые в лице шотландского дворянства и сами играли в реформационном движении видную роль, а с каменщиками соприкасались отчасти и по служебному положению. Есть указания на широкое участие в масонстве шотландского пресвитерианского духовенства, а в 1641 г., когда восставшие в защиту протестантизма шотландцы занимают северную часть Англии, в их армии в Ньюкэстле было, очевидно, немало членов масонских лож. По крайней мере, члены Эдинбургской ложи устроили здесь свое собрание и приняли в звании «цехового мастера» главного квартирмейстера армии Роберта Морэя.
О собственно английских ложах XVII в. дошедшие до нас сведения крайне скудны. Не подлежит, однако, сомнению, что в это время они не сливались уже с цеховой организацией, а образовали отдельное целое, связанное с ней лишь общностью ремесленных традиций и тождественным еще отчасти составом членов. По старым счетоводным книгам лондонских масонов видно, что такая отдельная от цеха организация существовала в Лондоне уже около 1620 г., и в одной рукописи 1686 г. именно она названа, вероятно,
Кроме знати к каменщикам примыкали в отдельных случаях представители интеллигенции и ученого мира, привлекаемые, как думает Бегеман, фантастической историей масонства, возбуждавшей их научную любознательность.
По описанию Плота, для приема в общество новых членов требовалось собрание, по крайней мере, пяти или шести франкмасонов. «Эти собрания, — замечает Плот, — называются в некоторых местах ложами». Вступительные обряды заключались и здесь в сообщении тайных знаков, «посредством которых члены общества узнают друг друга, где бы они ни находились», и сопровождались банкетами по установленному ритуалу. Новички, как и в Шотландии, в день приема дарили «братьям» перчатки, а взаимные обязанности членов заключались в помощи на случай старости, безработицы и болезни.
Документальные данные об английских ложах относятся уже к XVIII в. «В древнем и почетном обществе франкмасонов города Йорка» преобладают в это время (1705—1706) посторонние цеху лица. Председателями его выступают богатые негоцианты, лорды, баронеты и сквайры, хотя на заседаниях отводятся еще обязательные часы «для бесед о каменно-строительном деле». Ложа в Ольнуике (в Нортумберланде), напротив, и в XVIII в. сохранила свой чисто рабочий характер, и еще в 1757 г. в ней ассигнуются суммы на профессиональные путешествия братьев.