Через несколько недель после победы над Сареном экипаж «Нормандии» патрулирует отдаленные уголки галактики, устраняя оставшиеся очаги сопротивления гетов. Это рутинное задание, все проходит без происшествий, и в этот момент неизвестный корабль внезапно начинает разрушительную атаку. «Нормандия» оказывается на грани уничтожения, экипаж бросается к спасательным капсулам. Но капитан Шепард остается на борту до последнего момента, чтобы убедиться, что на корабле никого не осталось. В момент заключительной атаки Шепард оказывается выброшен(а) в открытый космос и проживает свои последние мгновения рядом с горящим кораблем.
Некоторое время Альянс и напарники оказывают почести капитану, но мало-помалу его (ее) наследие рассеивается. Похоже, Совет больше не верит в угрозу Жнецов, а останки Властелина, найденные после битвы, считаются не более чем новой технологией гетов. Члены экипажа «Нормандии», которыми больше некому руководить, отправляются в путь поодиночке. Лиара Т’Сони отправляется на поиски тела Шепард(а), которое, по-видимому, привлечет внимание некоторых личностей, имеющих недобрые намерения. Будучи не в силах вынести мысль о том, что останки могут оказаться на черном рынке, она приступает к делу. Дрелл по имени Ферон – торговец информацией, нанятый Серым посредником, – на самом деле играет в опасную игру. Он делится информацией с главой организации «Цербер» – Призраком. Лиара сомневается, стоит ли ему доверять, но «Цербер» утверждает, что Шепард(а) можно спасти. Его (ее) тело хранится в стазисной капсуле и, возможно, подлежит восстановлению. Похоже, что Коллекционеры, таинственная для остальной части галактики раса, намереваются забрать тело Шепард(а), и никто не знает почему. На самом деле Коллекционеры находятся на службе у Жнецов, и кажется, что уничтожение Властелина, вызванное действиями капитана Шепард(а), пробудило их интерес. Лиара и Ферон срывают сделку между Коллекционерами и агентом Серого посредника. Ферон пытается не скомпрометировать свое прикрытие, но безрезультатно. Агент пытается убить Ферона, который оказывает сопротивление и позволяет Лиаре сбежать с телом Шепард(а). Несмотря на сомнения, она передает останки капитана «Церберу» и клянется выяснить, что случилось с Фероном, заставив Серого посредника заплатить.
В течение двух лет «Цербер» финансирует чрезвычайно дорогостоящую программу под названием «Проект „Лазарь“», которую возглавляет Миранда Лоусон. Цель состоит в возвращении Шепард(а) к жизни, идентичным(ой) по телу и духу тому, кем капитан был(а) при жизни. Операция прошла успешно, но пробуждение оказывается суровым. Один из хирургов восстает против «Цербера» и пытается уничтожить весь проект, включая Шепард(а). Офицер Джейкоб Тейлор и Миранда помогают чудом выжившему Спектру покинуть станцию, и они направляются на другую базу Призрака.
Новая надежда
Глава «Цербера» говорит Шепард(у), что человечество нуждается в его (ее) лидерских качествах для подготовки галактики к атаке Жнецов, но в первую очередь – чтобы спасти человеческие колонии. В течение некоторого времени они подвергались нападениям со стороны Коллекционеров, а тысячи людей были похищены и увезены по ту сторону ретранслятора Омега-4, откуда еще ни один корабль не возвращался. Шепард решает лично оценить ситуацию и отправляется в человеческую колонию «Путь свободы», на которую только что напали. Тали’Зора находится там с другими кварианцами, поскольку единственный выживший – член Флотилии, который посещал колонию в рамках паломничества. Оставшийся в живых молодой кварианец находится в шоковом состоянии. Он видел, что Коллекционеры используют рои насекомых, чтобы парализовывать поселенцев и увозить их на своем корабле. Тали, имея обязательства перед флотом, пока не может следовать за Шепард(ом).