Вскоре художник принял непосредственное участие в военных действиях против бухарского эмира. Война, которая прежде представлялась Верещагину как красивое, величественное зрелище (наподобие парада), потрясла его душу. Картины и этюды, посвященные военным событиям, полны ужаса и боли за людей, гибель которых бессмысленна.
В течение нескольких дней Верещагин вместе с русскими войсками защищал крепость в Самарканде, за что был награжден Георгиевским крестом. Этот заслуженный боевой орден художник, не признававший наград, носил на груди до самой смерти.
В 1868 году Верещагин оставил Среднюю Азию и вернулся в Париж, но уже в следующем году вновь оказался в Туркестане. За год он сделал здесь огромное количество рисунков и живописных этюдов, которые позднее, в 1871–1873 годах в Мюнхене, стали основой для его картин.
На своих полотнах Верещагин показал войну такой, какой видел ее, ничего не изменяя и не приукрашивая. Чтобы сделать изображение правдивым и реалистичным, художник прибегал к приему фрагментарности, показывая на холсте маленький эпизод, как будто выхваченный из жизни. Еще одна особенность верещагинских этюдов-картин — пояснительные подписи к каждому произведению.
Верещагина поразило то равнодушие, с которым люди на войне относятся к чужой смерти, считая жестокость естественной спутницей сражений. На его полотнах солдаты безучастно курят у тел погибших или с интересом разглядывают отрезанную голову противника («После удачи (Победители)», «После неудачи (Побежденные)» — обе в 1868, Русский музей, Санкт-Петербург).
Так же трагичны и написанные с натуры картины, показывающие изуверство врагов. Яркие цвета национальных праздничных костюмов, нарядные мечети и синее небо — и на фоне этого буйства красок высокие шесты с выставленными на них отрубленными головами русских воинов («Представляют трофеи», «Торжествуют» — обе в 1871–1872, Третьяковская галерея, Москва).
Несколько работ туркестанской серии («У крепостной стены. Пусть войдут!», 1871; «Смертельно раненный», 1873 — обе в Третьяковской галерее, Москва) посвящены обороне самаркандской крепости. Картина «Смертельно раненный» передает впечатление автора, ставшего свидетелем гибели человека. Художника потрясло ужасное зрелище: смертельно раненный солдат, уронив ружье, в шоке кружит по площади. Все жесты и движения умирающего человека ведут за собой взгляд зрителя по кругу. На раме картины — надпись, передающая причитания солдата: «Ой, убили, братцы!.. убили… ой, смерть моя пришла!»
Свое осуждение бесчеловечности и равнодушия Верещагин выразил полотном «Забытый» (картина была уничтожена автором), на котором изобразил брошенного на поле русского воина. Над телом погибшего кружат стервятники. Официальные военные круги встретили картину с возмущением, говоря, что художник клевещет на армию. Но представителей интеллигенции она просто потрясла. Поэт А. А. Голенищев-Кутузов посвятил «Забытому» стихотворную балладу, а композитор М. П. Мусоргский — музыку.
В. В. Верещагин. «Смертельно раненный», 1873, Третьяковская галерея, Москва
Основной композицией туркестанской серии стал знаменитый «Апофеоз войны» (1871, Третьяковская галерея, Москва). Хотя художник изобразил торжество Тамерлана, завоевателя конца XIV — начала XV столетия, эта картина — художественный символ военных бедствий и людского горя. На фоне унылого пустынного пейзажа с высохшими деревцами — сложенные в большую пирамиду человеческие черепа, над которыми вьется стая ворон.
С документальной точностью выполнена известная картина Верещагина «Двери Тимура (Тамерлана)» (1871–1872, Третьяковская галерея, Москва), являющая собой новый тип произведения исторического жанра. Перед зрителем предстает образ прошлого, застывший в своей величественной красоте. У главного входа во дворец знаменитого завоевателя стоят два стражника в ярких расшитых одеждах. Они, не отрываясь, смотрят на прекрасные узорчатые ворота, из которых должен выйти их властитель.
«Двери Тимура», как и другую, исполненную в таком же ключе, картину— «У дверей мечети» (1873, Русский музей, Санкт-Петербург), И. Н. Крамской назвал истинно историческими, т. к. их автор передал историзм с помощью чисто живописных приемов.