Здесь мы сталкиваемся с основной несообразностью фильма: несовершенство нашего мира является одновременно и знаком его виртуальности и знаком его реальности. Связанной с этой несообразностью является несообразность касательно смерти: почему умираешь «реально», если умираешь только лишь в ВР, регулируемой матрицей? Фильм дает темный ответ: Нео: «Если тебя убьют в Матрице, ты умрешь здесь?» (То есть не только в ВР (виртуальной реальности - А.С.), но и в реальной жизни.) Морфеус: «Тело не может жить без разума». Логика этого заключения такова: если ваше «реальное» тело может оставаться живым (функционировать) только в сочетании с разумом, то есть с ментальной Вселенной, в которую вы включены, если вы пребываете в ВР и убиты там, эта смерть воздействует и на ваше реальное тело… Значит, справедливо и обратное: вы умираете, лишь если вас убивают в реальности. Ловушка вот в чем: полностью ли субъект погружен в находящуюся под контролем Матрицы ВР или он знает или, по крайней мере, подозревает о действительном положении вещей? Если ответ «да», то простой уход в безгреховное адамическое состояние отстраненности сделало бы нас бессмертными в ВР и, следовательно, Нео, который уже освобожден от полного погружения в ВР, должен выжить в схватке с агентом Смитом, который находится внутри ВР, контролируемой матрицей (точно так же, как он может останавливать пули, он должен был бы уметь делать нереальными те удары, которые ранят его тело).
Последняя несообразность касается двусмысленного статуса освобождения человечества, провозглашенного Нео в последней сцене. В результате вторжения Нео, в Матрице возникает «системная ошибка»; в то же время Нео обращается к людям, все еще находящимся под властью Матрицы, как Спаситель, который научит их тому, как освободиться от заключения в Матрице - они смогут преодолеть физические законы, гнуть металлы, летать по воздуху… Однако проблема в том, что все эти «чудеса» возможны, только если мы останемся внутри ВР, поддерживаемой Матрицей, и просто изменим ее правила: наш действительный статус остается тем же - мы рабы Матрицы, как это случалось не раз, просто получаем дополнительную власть, чтобы изменить правила нашей ментальной тюрьмы - так что о полном выходе за пределы Матрицы и вхождении в «реальную действительность», в которой мы все - несчастные существа, обитающие на разрушенной поверхности Земли, речи не идет.