Делегаты съезда утвердили «Инструкцию для комиссаров», предусматривавшую контроль матросских комитетов над командованием, и потребовали от Временного правительства освобождения арестованных участников июльских событий. Экземпляры этой инструкции разослали по кораблям и береговым частям флота. Отныне на всех кораблях, в частях и штабах Балтийского флота вводился институт комиссаров. Они должны были отныне следить за оперативной частью и секретной перепиской командования флотом. Как и следовало ожидать, решение съезда о назначении комиссаров вызвало смятение среди командования флотом. С подачи морского министра Д.Н. Вердеревского правительство потребовало немедленной отмены решения о контроле командования. Матросы демонстративно отказались даже обсуждать эту телеграмму. Но и это не вей!
По предложению Н.А. Ховрина отныне отменялись все назначения на командные должности, начальников и командиров могла избрать только сама команда. Помимо всего прочего, съезд распорядился прекратить производство в чинах, награждение орденами, а сами ордена упразднить.
Съезд принял обращение к матросам других флотов. В нем выдвигались требования передачи земли крестьянам, демократического мира, рабочего контроля над производством и созыва Всероссийского съезда Советов.
Тогда же на объединенном заседании пленума Центробалта, судовых комитетов и матросской секции Гельсингфорсского совета, под председательством П.Е. Дыбенко, была принята резолюция о непризнании власти Временного правительства и невыполнении его распоряжений. Фактически этой резолюцией Центробалт объявил Временному правительству войну.
Н.Ф. Измайлов в своей книге воспоминаний «Центробалт в дни восстания» пишет следующее: «...Со 2-го съезда представителей Балтийского флота... большинство революционных матросов Балтийского флота шло за лозунгами большевиков...»
Решением съезда на кораблях и в частях утверждались комиссары Центробалта, которые должны были отныне следить за оперативной частью и секретной перепиской командования флотом.
Как и следовало ожидать, решение съезда о назначении комиссаров вызвало смятение среди командования флотом. С подачи морского министра Вердеревского правительство потребовало немедленной отмены решения о контроле командования. Матросы демонстративно отказались даже обсуждать эту телеграмму. Но и это не всё: по предложению Н.А. Ховрина отныне отменялись все назначения на командные должности, начальников и командиров могли избрать только сама команда. Наконец дошла на съезде очередь и до Керенского. Ему послали следующее послание: «Тебе же, предавшему революцию, Бонапарту-Керенскому, шлем проклятья в тот момент, когда наши товарищи гибнут под пулями и снарядами и тонут в волнах морских...» Тогда же состоялось избрание делегатов на II Всероссийский съезд Советов. В число делегатов вошли Н.А. Ховрин, В. Мясников, И. Вахрамеев, А. Железняков, А. Баранов и другие. Разумеется, что там нашлось место и для большевистского фаворита Павла Дыбенко.
Закрывая съезд, П.Е. Дыбенко назвал ЦК партии большевиков истинными матросскими вождями и призвал всех по первому призыву новых вождей «выступить на баррикады, чтобы дать открытый бой вечным угнетателям».
Наверное, съезд продолжился бы и далее, но 29 сентября поступили известия о входе германской эскадры в Ирбенский пролив.
В тот же день съезд обсудил приказ-воззвание А.Ф. Керенского к матросам Балтийского флота. В нем Керенский, не без оснований, обвинял балтийцев в недисциплинированности, анархии и разложении флота во время начавшегося сражения за Моонзунд. Делегаты съезда, возмущенные поведением Временного правительства, приняли резолюцию, в которой потребовали немедленной отставки «авантюриста Керенского». После этого П.Е. Дыбенко зачитал заранее приготовленную телеграмму в адрес А.Ф. Керенского: «Требовать от Всероссийского комитета Совета солдатских, рабочих и крестьянских депутатов и Центрофлота немедленного удаления из рядов Временного правительства... авантюриста Керенского как лицо, позорящее и губящее своим бесстыдным политическим шантажом в пользу буржуазии великую революцию, а также вместе с нею и весь революционный народ. Тебе же, предавшему революцию, Бонапарту-Керенскому, шлем проклятья в тот момент, когда наши товарищи гибнут под пулями и снарядами, и тонут в волнах морских...»
Позднее П.Е. Дыбенко напишет об этом дне так: «Бессильные и злобные угрозы Керенского не смущают съезд. Керенские для флота не существуют...»
Любопытно, что в течение всего съезда высшие флотские чины (штабное судно «Кречет» стояло рядом со «Звездой») предусмотрительно не появлялись на причале, чтобы случайно не стать объектом для оскорбительных «дискуссий».