Впрочем, Центробалт подчиняться Центрофлоту и не собирался. Из воспоминаний Н.А. Ховрина: «Вскоре нам пришлось столкнуться с новой флотской организацией, возникшей в Петрограде, — с так называемым Центрофлотом. Костяком этой организации послужила морская секция при Петроградском Совете, состоявшая почти целиком из соглашателей. В состав Центрофлота вошли также моряки, избранные от флотов и флотилий на I Всероссийский съезд Советов. Новый орган с самого начала заявил о безоговорочной поддержке Временного правительства. Его линию определяли эсеры и меньшевики. Были в Центрофлоте и несколько большевиков, в частности мой старый товарищ Василий Марусев, кронштадтец Николай Маркин, наш центробалтовец Андрей Штарев. Но они находились в меньшинстве и не могли влиять на решения. Центрофлот с самого начала претендовал на роль руководителя всех флотских организаций, пытался стать чем-то вроде третейского судьи в спорах между матросскими комитетами и представителями командования флотов. Правительство поддерживало Центрофлот, видя в нем верного помощника. Но Центробалт не собирался слепо подчиняться решениям соглашательской организации. В нашем уставе был пункт, позволявший отклонять антидемократические постановления Центрофлота. В окончательной редакции он выглядел так: “ЦКБФ проводит в жизнь все постановления, приказания и решения, касающиеся жизни флота, которые будут исходить из существующей центральной государственной власти и Центрофлота, согласуясь с положением флота”. Последние три слова и позволяли нам быть хозяевами положения. Такая формулировка давала возможность брать под контроль любое распоряжение властей, принимать или отклонять его. И этим мы пользовались в полной мере».
Созданием лишь Центрофлота Временное правительство не ограничилось. Почти одновременно с проведением 1-го съезда моряков Балтийского флота была образована оппозиционная общественная организация — Союз офицеров, врачей и чиновников (Промор). Возглавили Промор весьма авторитетные на Балтике командир линкора «Севастополь» капитан 1-го ранга фон П.В. Вилькен и капитан 2-го ранга Г.К. Граф. Новый союз сразу нашел полное взаимопонимание с Центрофлотом, и выступил в оппозицию к Центробалту, хотя и с определенной осторожностью. Разумеется, противостояние этим не закончилось.
К июню каждый корабль, каждая береговая часть Балтийского флота фактически превратились в самостоятельные вечевые республики, жившие по своим законам и своим понятиям. При этом на каждом корабле господствовали свои интересы и пререгативы, которые порой буквально противоречили прегегативам команды соседнего корабля. Так, на линкоре «Петропавловск», где преобладали анархисты, в июне вынесли на митинге резолюцию с ультиматумом Временному правительству: «В 24 часа убрать из его состава десять министров-капиталистов». Ни больше и ни меньше! В противном случае матросы грозили подойти к Петрограду и подвергнуть его... обстрелу из орудий главного калибра. При этом «Петропавловск» призывал весь остальной флот последовать его примеру. На линкоре «Слава» в те же дни также произошел инцидент, но совсем иного рода. Команда линкора наотрез отказалась вести корабль в Рижский залив для участия в боевых действиях. Линкоровцы привыкли митинговать и не желали воевать.
Трудно объяснить почему, но в отличие от подавляющего количества матросов и, в первую очередь, от кронштадцев, команда крейсера «Адмирал Макаров» на протяжении всего дооктябрьского периода занимала, в отличие от той же «Славы», последовательную оборонческую позицию и требовала довести войну до победного конца. При этом, сколько к «макаровцам» ни приезжало всевозможных партийных агитаторов, представителей Центробалта и других корабельных комитетов, команда крейсера упорно стояла на своем.
4 июня 1917 года команда крейсера «Адмирал Макаров» приняла фактическую антицентробалтовскую «оборонческую» резолюцию. «Макаровцы» призвали флот к единению, под началом командующего, и прекратить провоцируемый Центробалтом разброд. 21 июня 1917 года команда крейсера снова выступила против Центробалта, потребовав отменить присвоенное им себе право отзыва команд матросов-добровольцев, командированных в части армии. В нем говорилось, в частности: обращаясь к действовавшим на фронте в ударных группах товарищам, команда крейсера призывала их выполнить свой долг перед родиной. “Мы же поддержим вас с моря и работу за вас на корабле выполним сами. “Макаров” всегда будет там, где надо ценой жизни защитить отечество».