В течение апреля Черноморский флот продолжал вести боевые действия, срывая морские перевозки противника, осуществляя блокаду Босфора и анатолийского побережья Турции. На коммуникации обычно выходили эсминцы, реже — крупные надводные корабли. Блокада пролива осуществлялась в основном подводными лодками; принимались также меры по постановке и усилению минных заграждений. Наряду с этим корабли Черноморского флота оказывали активную огневую поддержку сухопутным войскам на кавказском и румынском участках фронта. Большое внимание также уделялось защите морских перевозок, которым угрожали эпизодические выходы в Черное море германских крейсеров.
7 мая 1917 года в Могилеве открылся Всероссийский съезд офицеров армии и флота. На нем присутствовали четыре делегата и от черноморского офицерства. На съезде был создан общероссийский Союз офицеров армии и флота. Главный комитет этой организации в итоге занялся подготовкой к установлению военной диктатуры. Союз офицеров армии и флота и Республиканский центр (Петроград) установили контакты с А.В. Колчаком, который рассматривался как потенциальный кандидат на пост диктатора России.
8 мая Колчак организовал настоящее шоу — перезахоронение останков «красного лейтенанта» Шмидта и его троих сподвижников с острова Березань в Севастополе. Все было обставлено по высшему разряду. Доставивший останки вспомогательный крейсер «Принцесса Мария» при входе в Севастопольскую бухту был встречен орудийными салютами, на берегу и у пристани прибытия корабля ожидали тысячные толпы народа. Затем процессия двинулась от Графской пристани по Нахимовской и Большой Морской улицам к Покровскому собору, где, после совершения всех религиозных обрядов, под орудийные и ружейные залпы останки были помещены в склеп. Палили орудия, гремел оркестр, рядом с гробом шествовал скорбящий Колчак, многие плакали.
Всеобщее одобрение вызвало и решение Колчака присвоить имя Шмидта Морскому собранию офицеров флота в Севастополе.
А затем произошло событие, имевшее весьма серьезные последствия для всего флота. Началось с того, что ЦИК Севастопольского Совета предложил отстранить от должности помощника главного командира Севастопольского порта генерал-майора А.В. Петрова, уличенного якобы в хищении казенного имущества и спекуляции им. Вице-адмирал А.В. Колчак отказался выполнять решения ЦИК, как необоснованное, заявив, что даст санкцию на арест официальному следствию, если оно в процессе расследования дела выявит действительные признаки преступления. Несмотря на это, по решению Совета генерал-майор Петров был арестован, что означало игнорирование мнения командующего. Единственное, что смог сделать в этой ситуации Колчак, — сообщить телеграммой об инциденте Временному правительству.
Из книги воспоминаний «На трудном перевале» генерал-майора А.И. Верховского:«.. .Вдруг всплыло новое дело. Комендант порта генерал Петров был пойман с поличным. При посредстве одного спекулянта он закупал на севере по казенной цене кожи, которые доставлялись в Севастополь под видом казенного груза и здесь продавались по рыночной цене. Председатель Исполкома Конторович, желая придать делу примирительный характер, предложил обязать Петрова передать кожи в порт. Но генерал Петров, у которого вырывали изо рта жирный кусок, отказался выполнить требование Исполкома. Тогда Совет потребовал от Колчака, чтобы он освободил Петрова от обязанностей командира порта. Колчак сразу встал на дыбы».
Будучи не в силах отстоять генерал-майора Петрова, Колчак пожаловался Временному правительству на неподчинении его приказам Совета депутатов армии, флота и рабочих. 17 мая для улаживания конфликта в Севастополь из Одессы прибыл военный и морской министр А.Ф. Керенский. Обжегшись уже на Центробал-те, он решил взять реванш на Черноморском флоте. «Пели горны на тральщиках — ив Севастополе, на рейде, пели горны. Роты строились всюду... с воды тяжело взматывались гидро, громыхали, как ломовики, разбрызгивая в воздухе взрывы красной пыли из бумажных бомб. Флот в порту разноцветно пылал играющей листвой праздничных флагов; все гуще и гуще устраивалась над улицами, над бульварами медленная пыль; цветной народ, в поту, задыхаясь, бежал: Севастополь встречал Керенского», — так описывал прибытие Керенского писатель А.Г. Малышкин в своем знаменитом романе «Севастополь».
А.Ф. Керенский о поездке в Севастополь и А.В. Колчаке впоследствии вспоминал: «...Не смог побывать на самом фронте, поскольку должен был выехать вместе с адмиралом Колчаком и его начальником штаба капитаном Смирновым в Севастополь, в штаб Черноморского флота, чтобы попытаться уладить острые разногласия адмирала с Центральным исполнительным комитетом Черноморского флота и местным армейским гарнизоном».