Почувствовав поддержку ВЦИК, Временное правительство потребовало от командующего Балтийским флотом не допустить прихода революционных кораблей в Петроград, вплоть до потопления их подводными лодками, а также вызвать надежные миноносцы для действий против кронштадтцев.
3 июня помощник военного министра капитан 1 -го ранга Дудоров прислал на имя командующего Балтийским флотом телеграмму следующего содержания: «Временное правительство по соглашению с Исполнительным Комитетом Советов рабочих и солдатских депутатов приказало принять меры к тому, чтобы ни один корабль без вашего на то приказания не мог идти в Кронштадт. Предлагаю не останавливаться даже перед потоплением такого корабля подводной лодкой, для чего полагаю необходимым подводным лодкам занять заблаговременную позицию».
По воспоминаниям П.Е. Дыбенко, помимо этой телеграммы, на имя командующего флотом и состоявшего при нем комиссара Временного правительства Онипко был получен ряд секретных распоряжений и инструкций в зашифрованном виде, которые в первый момент были скрыты от Центробалта. Он пишет: «Права Центробалта были нарушены, и Центробалт... 3 июля арестовал комиссара Онипко и назначил при командующем флотом, в связь, минную оборону и на отряд подводных лодок своих комиссаров». Фактически это был политический переворот, так как отныне вся деятельность командующего уже не декларированно, а фактически находилась под контролем Центробалта.
Вслед за первой телеграммой Дудорова в Гельсингфорсе была получена и другая: «С. Секретно. Комфлоту Вердеревскому. Временное правительство по соглашению с Исполнительным комитетом приказывает немедленно прислать “Победитель”, “Забияку”, “Гром”, “Орфей” (эсминцы Балтийского флота. — В.Ш.) в Петроград, где им войти в Неву. Идти полным ходом. Посылку пока держать в секрете. Если кто из миноносцев не может быстро выйти, не задерживать других. Начальнику дивизиона по приходе явиться ко мне. Временно возлагает... и если потребуется противодействие прибывающим кронштадтцам. Если, по вашим соображениям, указанные миноносцы прислать невозможно совершенно, замените их другим дивизионом, наиболее надежным».
В тот же день Д.Н. Вердеревский обсудил создавшееся положение с членами Центробалта Н.А. Ховриным и А.С. Штаревым, причем командующий настаивал на том, чтобы секретные телеграммы не оглашать, но сообщить об их содержании. Н.А. Ховрин и А.С. Штарев утверждали, что матросы очень волнуются по поводу любых шифрованных телеграмм, поэтому их следует огласить, что и было сделано.
Распоряжение Временного правительства резко взвинтило и без того накаленную обстановку в Гельсингфорсе. Еще бы, ведь даже куда более «лояльные» распоряжения Временного правительства встречались матросами с протестами, доходящими до анархических действий. А тут министры-капиталисты призывают к убийству братьев-кронштадтцев!
Временное правительство не зря рассчитывало на команды эсминцев, которые традиционно отличались более правыми настроениями, чем экипажи линейных кораблей и береговых команд. Из воспоминаний капитана 1-го ранга Г.К. Графа: «На 1-м съезде Балтийского флота (25 мая — 15 июня 1917 г.) представители Кронштадта требовали введения мер демократизации, самочинно проведенных ими в Кронштадте: уничтожения кают-компаний и передачи их в пользование матросов, уничтожения чинов и, наконец, уничтожения должности командующего флотом. Только благодаря представителям Минной дивизии, бригады крейсеров и влиянию самого командующего флотом удалось отклонить эти пожелания». Большевик Ф.Ф. Раскольников полностью солидаризовался с монархистом Г.К. Графом в оценке политического состояния Минной дивизии: «Наиболее отсталой считалась минная дивизия, где политическая работа велась крайне слабо, а немногочисленный личный состав находился под сугубым, можно сказать, исключительным влиянием офицерства».
На экстренном заседании Центробалта было решено созвать пленарное заседание совместно с судовыми комитетами, объявить всему флоту о провокации Временного правительства, поставить вопрос о немедленной передаче власти Советам, а. также о посылке делегации от кораблей с требованием ареста Дудорова и Лебедева.
Боясь повторения самосудов над офицерами, контр-адмирал Д.Н. Вердеревский принял решение не исполнять указаний правительства, о чем и сообщил на заседании Центробалта тем же вечером 4 июля. Д.Н. Вердеревский телеграфировал в Петроград: «Приказания исполнить не могу. Если настаиваете, укажите, кому сдать флот». Но, несмотря на заявление Д.Н. Вердеревского, обстановка на заседании сразу накалилась. От представителей судовых комитетов, присутствовавших на заседании, выдвигалось предложение двинуть на Петроград сразу весь флот и разогнать Временное правительство ко всем чертям. По мере того, как страсти немного поутихли, по решению Центробалта и исполкома Гельсингфорсского Совета совместно с представителями судовых комитетов было решено на эсминце «Орфей» отправить в Петроград флотскую делегацию для предъявления в ЦИК политических требований матросов.