По общему мнению современников, Мазепа был уроженцем из малороссийского края и увидел впервые Божий свет в селе Мазепинцах, лежащем недалеко от Белой Церкви, на реке Каменке. Это имение пожаловано было в 1572 году королем Сигизмундом-Августом предку Ивана Степановича, шляхтичу Николаю Мазепе-Колединскому, с обязательством отправлять за него службу по староству Белоцерковскому. Сам Иван Степанович, будучи уже гетманом, сообщал в Малороссийский приказ, что у родителей его было двое детей — сын и дочь, и отец отправил сына, т. е. его, Ивана Степановича, на воспитание ко двору Яна-Казимира, где он был «покоевым». Король послал его в числе трех молодых шляхтичей куда-то за границу для образования на три года: король Ян-Казимир имел обыкновение каждый год высылать с этою целью трех молодых людей шляхетского звания на королевский счет. По возвращении из чужих краев в 1659 году мы встречаем Мазепу в качестве королевского придворного с важным поручением к гетману козацкому Ивану Выговскому, а в следующих годах — к гетманам Юрию Хмельницкому и (в 1663 году) к Павлу Тетере.
Видно, что хотя он был еще в молодых летах, но уже пользовался доверием короля, как человек умный и сметливый. Несомненно, в то время он был верен польской власти. Вскоре с ним случились события, побудившие его удалиться от двора королевского и потом вовсе из Польши.
Рассказывают, что этот молодой человек, по своему времени отлично воспитанный, приобрел при королевском дворе светский лоск и притом, одаренный красивой наружностью, имел способность нравиться женщинам; он завел тайную связь с одной госпожой, но муж последней, подметив это, приказал схватить Мазепу, привязать к лошадиному хвосту и пустить в поле; эта лошадь, еще не обученная и приведенная к господину из Украины, очутившись на воле, понеслась с привязанным к ее хвосту человеком в украинские степи. Козаки нашли его полумертвым от боли и голода, привели в чувство, и он, оправившись, остался между козаками. Другой историк, Стебельский, рассказывает тот же анекдот, прибавляя, что господин, с женой которого был в связи Мазепа, раздел его донага, облил дегтем, обсыпал пухом, посадил на дикую лошадь, привязав его к ней веревками, и пустил на произвол судьбы. Подобное излагается и в истории Отвиновского. Это рассказано подробнее и правдоподобнее в записках Паска, служившего разом с Мазепою при дворе Яна-Казимира и сообщающего несколько сведений о молодости Мазепы. По его известиям, в 1661 году Мазепа, находясь при королевском дворе, оговорил перед королем своего товарища Паска, будто последний, по поручению коронного войска, находившегося тогда во вражде с королем, ездил к войску литовскому подущать его против своего государя. Паска арестовали, разобрали дело, оправдали, и король подарил ему 500 червонцев, а Мазепа был временно удален от двора, но скоро опять был допущен. В следующем 1662 году Пасек, на забывая причиненного ему оскорбления и будучи навеселе, ударил Мазепу, Мазепа схватился за оружие. Бывшие при этом свидетелями придворные не приняли сторону Мазепы, потому что не любили и не уважали его: он был «козак» и в их глазах «не слишком-то благородный» (nie bardzo nobilitowany). Драка во дворце, да еще в преддверии покоев, где находился тогда король, считалась большим преступлением, но король, услыхавши об этом, сказал: «Клевета показывается больнее раны. Хорошо еще, что не столкнулись между собою где-нибудь на дороге». Он призвал к себе Паска и Мазепу, приказал им перед своими глазами обняться и простить друг другу взаимные оскорбления.