Вторая половина 1687 года проводилась в веселых пирах и празднествах в Батурине, а с ранней весны 1688 года принялись за построение городков сообразно статье договора, утвержденного на избирательной раде. Важнейший из этих городков на берегу Самары начат был в марте, а окончен к августу того же года. Постройкою заведовал сам гетман с Леонтием Романовичем Неплюевым и Григорием Ивановичем Косаговым. Московское правительство думало производить эту постройку, сгоняя на работу малороссийское поспольство, но гетман нашел неудобным отрывать народ от летних работ и предпочел исполнить это дело коза-ками по выбору из шести полков. Работою занято было до двадцати тысяч рук. Городок этот был расположен на русской стороне реки Самары, выше Вольного Брода и ниже другого брода, называемого Песчаным. Гетман доносил, что эта крепость будет «в окрестных государствах явна и славна, великим государям к чести, а неприятелям страх и разорение». Гетман, по царскому указу, приглашал универсалами охотников, как из малороссиян, так из великороссиян, поселиться у новопостроенного укрепления, места для поселения отводились за крепостным валом. В средине городка построена была деревянная церковь во имя Живоносного Источника Пресвятой Богородицы, отчего и городок назван был Новобогородским[34]. Воеводою оставлен был Косагов с тысячью ратных людей, но вскоре заменил его Волконский, а Косагову велено быть снова в знакомом ему Запорожье.
Постройка городка на Самаре произвела волнение между запорожцами. Мазепа это предвидел и потому, собираясь строить городок, старался не допускать об этом вести до Запорожья, но об этом сообщил туда бывший в Москве посланцем из Сечи Липохой. Там сделалось волнение уже весной, и кошевой Григорий Сагайдачный писал гетману, что все Войско низовое бьет челом великим государям, чтобы не строить городков в державе Войска низового, где у запорожцев есть достояние — свои рощи и пасеки. Гетман отвечал, что городок строится ввиду предполагаемых военных действий против татар, как временное складочное место боевых и хлебных запасов, а вовсе не с тем, чтобы постоянно занять край и наносить убытки запорожцам в их рыбных и пчелиных промыслах. Для успокоения кошевого гетман послал ему в дар 1000 червонных. Запорожское недовольство, как всегда бывало, ограничивалось только временными криками. Всегда искали запорожцы повода волноваться, но скоро и успокаивались.
Важнее было то, что каждое волнение в Запорожье легко и быстро отражалось в гетманщине. Городовые козаки не имели таких причин быть недовольными постройкой городков на Самаре, как запорожцы, зато в Украине было немало таких, которых могли возбуждать запорожцы, постоянно шатавшиеся по гетманщине. То были, как и в прежние времена, тяглые рабочие люди, так называемые мужики, самовольно «вбившиеся» в козацкое звание. На этот раз такие люди находились в последнем крымском походе и, ставши случайно козаками, не хотели отрекаться от козацкого звания и возвращаться в мужицкое, а этого от них требовало малороссийское правительство на том основании, что они, будучи зажиточнейшими, выбыли из мужицтва, в мужицтве же остались убогие, на которых исключительно падают все тягости, какие прежде несли вместе с ними и вышедшие из тягла самовольно в козаки. Кроме того, в полках Лубенском и Миргородском запорожцы возбуждали народ к ропоту за утеснение от полковых властей, и гетман доносил, что можно опасаться бунта. По таким донесениям, московское правительство указывало гетману действовать, если нужно будет, и оружием для усмирения запорожцев и укрощения шатости в Украине, при содействии великороссийских войск, а для охранения гетманской особы в Батурин послало еще 300 ратных людей к прежним семи стам. Но гетман сообразил, что известие о беспокойствах в Малороссии может в Москве зародить мнение о неумении его самого держать в повиновении управляемый край, и потому спешил известить, что он уже исправил те оскорбления, которые делал народу бывший гетман, водворил в стране спокойствие и сам совершенно безопасен, особенно под охранением двух стрелецких полков и охотных Козаков. Кошевой уже не противился царской воле, но в Сече все еще раздавались мятежные голоса, толковавшие, что лучше запорожцам мимо царской воли помириться с Крымскою ордой и вести свободно торговлю с Крымом. Однако, толкуя о таком примирении с крымцами, сечевики не прочь были и воевать против крымцев и досадовали, зачем Косагов не ведет их на войну, как обещал. «Нас просто обманывают, — кричали запорожцы. — Говорят, будто крепость построена для военного времени, а на войну не идут, и выходит, что ее построили только нам в досаду».