К вечеру 2 апреля после ожесточенных боев армянские части заняли райцентр. Личный состав азербайджанских подразделений беспорядочно отошел из Кельбаджарского района на север через перевалы Мурондагского хребта. Часть бронетехники (до 15 танков и БМП) застряла на перевалах из-за глубокого снежного покрова и была просто брошена или уничтожена собственными экипажами.
В результате Кельбаджарской операции армянская группировка в Верхнем Карабахе обеспечила себе достаточную глубину оперативного и стратегического тыла, а также более надежное территориальное сообщение с Арменией. В этих условиях 6 апреля азербайджанское руководство объявило чрезвычайное положение в масштабах государства, начав мобилизацию призывников и резервистов. Военному командованию были отданы распоряжения по подготовке контрнаступления в предстоящий летний период.
В начале апреля армянские войска активизировали боевые действия на южном участке фронта, кроме того, ими было предпринято несколько серьезных попыток наступления на райцентр Физули, в результате чего были поставлены под угрозу коммуникации, связывающие юго-западный регион (Губадлы, Зангилан, Джебраил) с остальной территорией Азербайджана. В результате контрнаступления, предпринятого частями переброшенной из Баку бригады президентской гвардии, местной пехотной бригады, 2-го пограничного отряда, карабахские части, не получившие нужной поддержки, отошли на исходный рубеж. Таким образом, к 20 апреля ситуация на этом участке фронта стабилизировалась.
Некоторая военная активность в течение апреля— мая наблюдалась на северном направлении (восточные отроги Муровдагского хребта, район Полистан), где карабахско-армянское командование стремилось восстановить ранее утраченные позиции, предприняв несколько атак и неудачную попытку высадки тактического вертолетного десанта.
Относительная оперативная пауза в боевых действиях, установившаяся с середины апреля и вызванная активизацией международных усилий по урегулированию конфликта, завершилась 12 июня переходом карабахских частей в массированное наступление на центральном участке фронта.
Эти боевые действия развернулись на фоне очередного резкого обострения внутриполитического противостояния в Азербайджане, вызванного мятежом командования и личного состава 709-й мотопехотной бригады, дислоцированной в городе Гянджа, которым руководил полковник Сурет Гусейнов
[70]. Руководством республики в этих условиях был отдан приказ на проведение операции по разоружению бригады силами президентской гвардии и внутренних войск. 4–5 июня произошли вооруженные столкновения, в ходе которых с обеих сторон было убито более 60 военнослужащих. Используя переданную технику и вооружение выведенной неделей ранее российской 104-й гвардейской воздушно-десантной дивизии (105 боевых машин десанта, БТР, 42 артиллерийско-минометные системы), руководство военной оппозиции взяло под контроль город Гянджу, аэропорт и прилегающие районы, разоружило и расформировало подразделения внутренних войск, лояльных НФА.В течение последующих нескольких суток оппозиционные силы, поддержанные перешедшей на ее сторону 707-й бригады 1-го армейского корпуса и других частей армии Азербайджана, совершили интенсивный марш-бросок в восточном направлении вдоль шоссе Тбилиси — Баку. К исходу дня 10 июня они вышли на дальние подступы к столице, установив контроль над северо-западным и центральным районами Азербайджана. Передвижение сил оппозиции происходило беспрепятственно, при негласном нейтралитете высшего военного командования и частей регулярной армии. В результате было обеспечено начало процесса отстранения от власти НФА.
Тем временем с утра 12 июня карабахские части предприняли массированное наступление в направлении райцентров Агдам и Мардакерт. В этой операции задействовалось более 6 тысяч военнослужащих, до 75 единиц бронетехники, поддержанных огнем гаубичной и реактивной артиллерии, ударами эскадрильи вертолетов Ми-24. В качестве ближайшей задачи ставилось расчленение боевых порядков азербайджанских частей с последующим окружением Агдама, уничтожением сосредоточенной в нем группировки сил, штабов, склада боеприпасов, базы ремонта бронетехники и военного госпиталя. При этом учитывалось сложное положение обороняющейся стороны, отрезанной от основных сил частями оппозиции, продвигавшихся из Кировобада в направлении Баку.
В первые трое суток карабахцам удалось выйти на рубеж 5 километров севернее и 10–15 километров южнее Агдама, таким образом охватив город с двух сторон. Хотя азербайджанские части пытались оказать сопротивление, однако удержать основные позиции снова не удалось. При этом в бой были брошены все наличные самолеты и вертолеты ВВС Азербайджана, которые нанесли удары по армянским позициям. Только 18 июня после подхода подкреплений азербайджанские войска предприняли контратаку, отбросив противника на исходные позиции практически по «сему периметру Агдама.