В январе 1803 года труды его были оценены и в награду ему была «пожалована» бриллиантовая табакерка с вензелем его императорского величества. В ноябре следующего года он получил аренду (на 12 лет) мызы Аагоф в Венденском уезде Лифляндской губернии с доходом 12 тысяч рублей в год. В ноябре 1807 года Сперанский был назначен членом Комитета об усовершенствовании духовных училищ. Тогда же он сопровождал императора Александра I в Витебск для осмотра Первой армии, а в 1808 году – участвовал в свидании государя с Наполеоном. За эти годы добавились награды: ордена Святого Владимира III степени и Святой Анны I степени.
И все же подлинный взлет Михаила Михайловича Сперанского начался только в августе 1808 года – он произведен в чин тайного советника, назначен членом Комиссии составления законов, а в декабре того же года – товарищем министра юстиции, который тогда одновременно был и генерал-прокурором Российской империи. В связи с этим назначением император дал следующий рескрипт на имя министра юстиции князя П. В. Лопухина от 16 декабря 1808 года: «Желая сколь можно ускорить совершением возложенных на Комиссию составления законов трудов, Я поручаю вам, особенно и исключительно от всех прочих дел, к производству Правительствующего Сената и Департамента Министерства Юстиции принадлежащих, употребить по сей части Действительного Статского Советника Сперанского. По делам сей комиссии, усмотрению Моему подлежащему, имеет он Мне докладывать». Таким образом, Сперанский получил фактически все права председателя Комиссии составления законов. Только он мог входить к государю с докладами о ходе подготовки законов, о работе Комиссии и т. д. К этим обязанностям вскоре добавились новые – канцлера Абовского университета и члена Главного правления училищ. В Комиссии началась интенсивная подготовка фундаментальных законов по преобразованию государственных учреждений России. К осени 1809 года было составлено так называемое «Введение к Уложению государственных законов», готовившееся под руководством Михаила Михайловича. Сперанский предлагал создать двухпалатный парламент с высшей палатой, Государственным советом, и низшей – выборной Государственной думой. Политические права по проекту получали только два сословия: дворянство и «люди среднего состояния», то есть купцы, мещане, государственные крестьяне. Именно они должны были избирать Государственную думу и местные органы власти. Предполагалось также дать определенные гражданские права и третьему сословию – «народу рабочему» и «крепостному люду», с постепенной отменой крепостного права. В области судебной планировалось ввести элементарные принципы законности, суды присяжных, реорганизовать судебную систему и т. п. Предусматривались покровительство «науке, коммерции, промышленности», выборность части чиновников и их ответственность перед вышестоящими органами.
И хотя император согласился лишь с учреждением Государственного совета (начал работу в 1810 году), Сперанского он сделал первым государственным секретарем, при этом оставив его директором Комиссии составления законов.
В 1811 году по предложению М. М. Сперанского было принято «Общее учреждение министерств», которое упорядочило их структуру и функции. Он сумел провести также два закона о чиновниках, в частности «О придворных званиях» и «Об экзаменах на чин». Согласно им, для занятия государственных должностей были необходимы диплом о высшем образовании или сдача экзаменов на соответствие требованиям того или иного ведомства. Придворные же звания не должны были являться основанием для получения гражданских чинов.
Это было время, когда Сперанскому благоволил сам император Александр I. В 1810–1811 годах Михаил Михайлович сопровождал государя на открытие финляндского сейма в Борго, председательствовал в Комиссии финляндских дел в Петербурге. В январе 1812 года ему был вручен орден Святого Александра Невского. Но это была последняя милость императора…