Двадцать первого сентября 1921 года по вызову наркома просвещения А. В. Луначарского и наркома юстиции Д. И. Курского Павел Николаевич вернулся в Москву. Здесь он служил юрисконсультом в Главлескоме Высшего совета народного хозяйства, а также в юридическом отделе Президиума ВСНХ, с октября 1923 года по февраль 1924 года работал юристом в акционерном обществе «Транспорт». Уже тогда его пытались привлечь к уголовной ответственности за телеграмму об аресте В. И. Ленина и даже задержали, но вскоре освободили.
Малянтович стал одним из основателей советской адвокатуры, входил в ее руководящие органы и возглавлял Московскую коллегию защитников. Но в конце сентября 1930 года Павлу Николаевичу все же пришлось предстать перед Сокольнической районной комиссией по так называемой чистке соваппарата – теперь судьбу адвоката определяли не профессиональные качества, а «запятнанное» прошлое. С подачи комиссии Малянтович был включен в список «классово чуждых элементов», которые не могут проводить «правильную классовую линию». Надо сказать, что это испытание он выдержал с достоинством. Н. Я. Воробьев, долгое время друживший с сыном Малянтовича Георгием, приводит рассказ самого Павла Николаевича о «чистке». Придирались ко всему, даже к тому, что в 1921 году он вернулся в Москву. Объясняя комиссии причины своего возвращения, Малянтович оправдывался: «
Но и после «чистки» Малянтовича не оставили в покое. 13 декабря 1930 года его вновь арестовали органы ОГПУ. Павла Николаевича приговорили к десяти годам лишения свободы, вменив в вину принадлежность к центральному бюро меньшевистской организации.
В связи с арестом его исключили из коллегии защитников. Пять месяцев он провел в заключении, и только благодаря стараниям друзей, которые сразу же стали ходатайствовать за опального адвоката, подключив к этому делу А. И. Рыкова, А. М. Лежаву, А. А. Сольца и других видных большевиков, Малянтович 28 мая 1931 года был освобожден из тюрьмы, а в октябре того же года дело окончательно прекратили. 14 ноября 1931 года он был восстановлен в членстве Московской городской коллегии защитников и снова допущен к адвокатской деятельности.
В течение нескольких лет Павел Николаевич имел возможность более или менее спокойно заниматься любимым делом.
Он часто выступал в судах, вел общественную работу. Его жена Анжелика Павловна была уже тяжело больна, почти ослепла. Старший сын Николай проживал в Берлине, сыновья Владимир и Георгий пошли по стопам отца – тоже были членами коллегии защитников; юристом стала и дочь Галли, работавшая в «Главспирте».
Но спокойная жизнь продолжалась недолго. Наступил 1937 год. В сентябре, защищая в так называемом спецделе очередного «контрреволюционера», Малянтович, как отмечено в документах, допустил в своей речи «выпад» (надо полагать, против власти) и снова был изгнан из коллегии защитников.
Первого ноября 1937 года Павел Николаевич был в очередной раз арестован. 26 ноября ему предъявили обвинение в том, что он, «будучи членом партии меньшевиков и непримиримым врагом пролетарской революции, в 1917 году вошел в состав Временного правительства, заняв пост министра юстиции и главного прокурора», «подвергал преследованиям и репрессиям большевиков, издал приказ об аресте В. И. Ленина». После Октябрьской революции он якобы «вел активную борьбу против советской власти до дня ареста, как член партии меньшевиков». Из этого постановления мы узнаем о том, что Малянтович писал «контрреволюционные мемуары», то есть воспоминания о своей жизни, которые у него были отобраны при аресте и исчезли где-то в архивах НКВД.
На одном из первых допросов Павел Николаевич признался, что являлся участником контрреволюционной организации, но впоследствии твердо отвергал все возводимые на него обвинения. Он признавал только общеизвестный факт – телеграмму о розыске и аресте В. И. Ленина. Судя по материалам следствия, Малянтовича только в течение первого года заключения допрашивали тридцать пять раз, а ведь расследование тянулось больше двух лет. Можно только поражаться мужеству, с каким стареющий адвокат держался на допросах, когда уличающие его показания давали не только люди, с которыми он дружил и которых уважал, но даже сын и брат.