Американское правительство приняло сторону фармацевтических компаний и оказало дипломатическое давление. В 1999 Офис Торгового Представительства Соединенных Штатов (USTR) поместило Южную Африку в свой Специальный 301 «Список Приоритетного Наблюдения» стран, которые не обеспечивают «соответствующую и эффективную» защиту прав интеллектуальной собственности, что вызывает сильное неодобрение и угрозу санкций (Sell 2003). Однако последовавшая общественная ответная реакция таких групп, как Оксфам и Медесин Сан Фронтир (Oxfam and Medecins Sans Frontieres) принесла убытки фармацевтическим компаниям и заставила администрацию Клинтона пойти на соглашение.
Конфликт был разрешен в том же году, когда ЮАР и С ША пришли к письменному «пониманию» защиты прав интеллектуальной собственности, в котором Южная Африка сняла угрозу параллельного импорта в обмен на обещание более благоприятных условий от фармацевтических компаний и конец дипломатического и торгового давления США. Фармацевтические компании, в свою очередь, отозвали иск. Соглашение также повлекло за собой широкую дискуссию в ВТО по поводу улучшения доступа к лекарствам в бедных странах, столкнувшихся с общенациональными кризисами здравоохранения — обсуждение, изначально отразившееся в Декларации Дохи о Соглашении TRIPS и общественном здравоохранении в 2001 и позднее предварительно урегулированное в «Решении Медицинских Вопросов», установившем правила параллельного импорта для непредвиденных случаев в здравоохранении.
На большую часть десятилетия медицинские вопросы и их разрешения затмили собой прочие вопросы по интеллектуальной собственности в Южной Африке. На протяжении ранних 2000-х IIPA предупреждал ЮАР о несостоятельности законов в области авторских прав — особенно в контексте потока пиратских CD и DVD, появлявшихся на рынке. Союз (IIPA) рекомендовал поместить ЮАР в Специальный 301 Список Наблюдения в 2001 и 2002 и Список Приоритетного Наблюдения в 2003. Были сделаны «специальные упоминания» законодательных проблем ЮАР в 2005, 2006 и 2007. Во избежание конфликта Торговое Представительство Соединенных Штатов не стало выполнять данные рекомендации, сделав ЮАР основным исключением в заметном влиянии IIPA на Специальный 301 процесс за последние годы.[97]
На протяжении всего периода основным объектом внимания IIPA были видеодиски. В 2003 IIPA сообщил о скачке в уровне DVD пиратства с 10–15 % до 30–35 % на рынке домашнего видео. Так же Союз отметил, что ЮАР стала «одним из главных мировых рассадников розничной торговли пиратскими DVD дисками» — невероятное утверждение, учитывая, что заявленные убытки не превысили 35 миллионов долларов за этот период.
Несмотря на усилия IIPA поместить ЮАР в список наблюдения, страна только периодически фигурировала в отраслевых статистических отчетностях. Как и в других странах, Союз Коммерческого Программного Обеспечения (BSA) был наиболее надежным инструментом пиратской статистики, хотя неясно, определяется ли уровень южно-африканского пиратского программного обеспечения напрямую по количеству копий или экстраполируется из региональных оценок. Американская Ассоциация Кино (MPAA), в свою очередь, не включила ЮАР в свое исследование 2005 года в связи с незначительным размером локального рынка кинофильмов, который колебался на уровне 50 миллионов долларов в год. Ассоциация Развлекательного Программного Обеспечения (ESA) провела несколько потребительских исследований вначале 2000-х, но прекратила их проведение в 2003. Ассоциация Записывающей Индустрии Америки (RIAA) представила периодические отчеты для IIPA, включавшие оценки, обеспеченные ее местным аналогом — Записывающей Индустрией ЮАР (RiSA), но потери по ним никогда не превышали 8,5 миллионов долларов в год.
В отсутствие статистических данных отчеты IIPA по ЮАР основывались в основном на конфискациях и полицейской активности, на расходах местных отраслевых групп и на интенсивности критики южноафриканских законов и институциональных соглашений. Некоторые жалобы IIPA были уникальны для ЮАР. В 2007 Союз продолжил критику повсеместного распространения книжного пиратства и пиратского программного обеспечения. Также союз продолжал напоминать о необходимости отреагировать на задержки в судебной системе и финансовые затруднения истцов в случаях, когда имела место конфискация товаров.[98]
Его не устраивали границы условий «добросовестной сделки» по закону ЮАР об авторском праве, недостаток уголовных наказаний для «конечных пользователей» пиратского программного обеспечения в бизнесе, бремя доказательства обладания правами для истцов в исках против сомнительных нарушений авторских прав и различные неудачные попытки «исправить оставшиеся дефекты TRIPS» — в особенности по поводу реализации южноафриканского Закона 1997 года о Поддельных Товарах. Отчет IIPA 2007 года включал в себя следующее предупреждение: