Флоренция того времени представляла собой город, расколотый надвое, город, в котором, по словам современника — торговца шелком Луки Ландуччи, — отношение к Савонароле, за или против, «развело по разные стороны отцов и детей, мужей и жен, братьев и сестер». Однако то, что могло стать трагедией, начинало выглядеть фарсом. Вскоре после окончания Великого поста до Флоренции дошел слух, будто Пьеро де Медичи получил в Риме благословение папы и теперь направляется к родному городу во главе полуторатысячного отряда наемников. Воодушевленный сведениями о расколе в городе, а также известием, что новым гонфалоньером стал Бернардо де Неро, тайный приверженец Медичи, Пьеро решил, что час его пробил — можно возвращать власть. Но он самым печальным образом просчитался: даже среди противников Савонаролы было немного тех, кто хотел возвращения к режиму Медичи с его многочисленными ограничениями гражданских свобод. Бернардо де Неро чутко уловил настроения граждан и просто не открыл ворота перед Пьеро и его людьми. Тогда тот стал лагерем неподалеку в ожидании начала народных волнений, которые, как он убеждал всех вокруг, неизбежны. Но наемники решили, что ждать больше нечего, и вернулись в Рим.
Пьеро не смог пережить унижения и по возвращении в Рим предался самому разгульному образу жизни. Вот как его описывает один их близких некогда Пьеро людей. Подъем — не ранее полудня. Затем — долгий завтрак, сопровождаемый обильными возлияниями. Снова спальня в сопровождении проститутки женского или мужского пола — в зависимости от настроения. Утолив плотские желания, Пьеро садился за карточную игру с приятелями, которая продолжалась дотемна, после чего вся компания отправлялась в шумный поход по разного рода сомнительным питейным заведениям и борделям, возвращаясь домой со всеми следами бурной ночи уже с восходом солнца, когда добрые люди идут на работу.
Пьеро Невезучий встретил свой конец шесть лет спустя, в 1503 году, весьма характерным для себя образом: лодка, на которой пересекал реку Гарильано, перевернулась, и Пьеро утонул. Таким образом, главой пребывающей в изгнании семьи Медичи стал двадцативосьмилетний кардинал Джованни.
В июне 1497 года папа Александр VI выпустил буллу, отлучающую Савонаролу от церкви, но никто из папских курьеров не осмелился войти в город, чтобы передать ее по адресу. Савонарола игнорировал отлучение и продолжал проповедовать, как прежде. Многие были до глубины души возмущены видом отлученного доминиканского священника, служащего мессу в соборе, и по крайней мере однажды среди верующих вспыхнул стихийный бунт, с последующим затем покушением на жизнь Савонаролы, столь же неумелым, как и предыдущие. Члены синьории вознегодовали настолько, что, в свою очередь, запретили Савонароле проповедовать.
Город был охвачен волнениями. Флоренция объявила Пизе войну, попытавшись вернуть себе город силой оружия, но эта попытка обернулась дорогостоящей неудачей. Городская казна опустела, а когда летом случился неурожай, стало не хватать продовольствия. Вскоре поползли слухи о голодных смертях; говорили также, что двое людей умерли от чумы в прибрежном городском районе Огниссанти. На детей, расхаживающих с гимнами по улицам Флоренции, смотрели теперь как на шпионов, выискивающих проявления ереси, а также как на разносчиков инфекции. Перед их лицами захлопывали двери, а охранников забрасывали из окон верхних этажей всякой гнилью, а то и кое-чем похуже.
К началу 1498 года атмосфера в городе накалилась до предела. Приору-доминиканцу бросили вызов францисканцы, сохранявшие верность папе. Они потребовали, чтобы Савонарола доказал наличие особых отношений с Богом, пройдя испытание огнем — вместе с одним из их братьев-францисканцев. Если Савонарола ступит босыми ногами в горящий костер и не обожжется, это послужит доказательством его богоизбранности. И тогда у него будет полное право править городом. Если же он не выдержит испытания — отправится в изгнание. И вновь синьория пришла в ярость: что за средневековая дикость, это позор для такого культурного города, как Флоренция. С тем же успехом можно потребовать от Савонаролы, чтобы он перешел Арно. Но францисканцев было не смутить, и они, как сказано, выбрали для участия в испытании монаха из своих рядов. Однако же Савонарола отверг предложение, и тогда его вызвался заменить один из его наиболее преданных учеников, фра Доменико да Пешиа.
В назначенный день на пьяцца делла Синьория во всю ширину разложили и подожгли дорожку из сухостоя. На балкон неохотно вышли члены синьории, площадь заполнила толпа, а из окон близлежащих домов вытягивали шею любопытствующие. Участники готовились к началу, которое задерживалось из-за того, что стороны не могли договориться, должно ли соперникам нести в руках деревянные распятия — а что, как они сгорят, это будет святотатство. Но тут, в самый разгар жаркого теологического спора, разверзлись небеса, и хлынувший дождь залил огонь. Роковое испытание обернулось фарсом, зрители недовольно разбрелись по домам.