Фердинанд оказался лучшим великим герцогом Тосканы и главой государства из всех членов династии герцогов Медичи. В начале его правления ходили слухи о том, что он был замешан в отравлении своего старшего брата и его жены. Но ничего не было доказано, поэтому обвинение никто не мог предъявить. Потом слухи прекратились, так как герцог Фердинанд I действительно заботился о благосостоянии своего народа: он существенно снизил налоги, старался улучшить условия труда ремесленников, не вел кровопролитные войны за чужую территорию, которые опустошали казну и приводили к голоду и разорению государства. В быту Фердинанд и Кристина были непритязательны, им совершенно не нужна была та излишняя роскошь, которой окружали себя Франческо I и Бьянка Каппелло. Конечно, герцогиня имела столько платьев и драгоценностей, сколько было положено ей по рангу, но без излишеств. Муж ей ни в чем не отказывал, только Кристине и в голову не приходило этим воспользоваться, чтобы купить какую-нибудь красивую, но ненужную безделушку. Вместо этого она предпочитала заниматься благотворительностью и делала щедрые пожертвования церквям, монастырям, детским приютам и общественным больницам для неимущих. Тем не менее для почетных гостей и придворных герцог и герцогиня устраивали пышные приемы, соответствующие их положению.
Фердинанд продолжил дело своего отца и всерьез занялся осушением болот Тосканы, что привело к оздоровлению огромных территорий. Таким образом, значительно снизился риск заболевания малярией, от которой многие умирали. Земли отдавали крестьянам, которые их распахивали и засевали твердыми сортами пшеницы, овсом, кукурузой, оливовыми деревьями и виноградной лозой.
Великий герцог восстановил справедливую судебную систему своего отца, которую изменил Франческо I. Он реорганизовал ремесленные корпорации, умело распределил обязанности между чиновниками и улучшил бюрократический аппарат государства. Фердинанд I поощрял торговлю и заработал большую часть своего состояния за счет создания банков, контролируемых Медичи, во всех крупных европейских городах. Затем герцог издал указ о терпимости к евреям и еретикам и построил новый огромный город с морским портом – Ливорно. Работы над портом начал еще его отец Козимо I и продолжил его брат Франческо I. Но именно Фердинанд сделал этот город свободным для прибытия многочисленных испанских евреев, изгнанных из Испании в 1492 году, и для других иностранцев разного вероисповедания, гонимых из других стран. Таким образом, в Тоскану хлынула толпа евреев, католиков из Англии, протестантов из Франции и мусульман с Востока. Кроме того, в Ливорно могли селиться узники, сбежавшие из тюрем. Все, кто прибывал в этот город, не подвергался никаким преследованиям: ни религиозным, ни политическим, ни со стороны закона. Люди могли здесь начать жизнь заново, забыть о прошлом, выбрать любую профессию и публиковать любые книги. Таким образом, маленькая деревня превратилась в огромный интернациональный город, на улицах которого можно было услышать речь говорящих на разных языках людей и увидеть иностранцев в своих национальных костюмах.
Постепенно порт Ливорно превратился в самый большой коммерческий порт всей Италии. Самым важным товаром в те времена было зерно, которое выращивали в огромном количестве в единственной стране Европы – Польше. Плавание на паруснике из Ливорно в Польшу длилось два года: нужно было проплыть вдоль побережья Северной Италии, Франции, Испании, выйти в Атлантический океан, проплыть Ла-Манш, Северное море, обплыть Данию и выйти в Балтийское море. Затем с купленным в Польше зерном обратная дорога занимала те же два года. Итого четыре года, слишком долго. Фердинанда это не испугало, и он начал раз в месяц отправлять корабли в Польшу закупать зерно. Через четыре года корабли, набитые зерном, начали возвращаться в Ливорно с регулярностью раз в месяц. Таким образом Фердинанд I забил зерном все закрома Тосканы, голод теперь был не страшен даже в годы неурожая. Мало того, Тоскана – единственная в Италии – торговала зерном, и Фердинанд мог спокойно устанавливать свои цены, на чем заработал огромные деньги.
Под руководством Фердинанда часть течения реки Арно была направлена в канал, что значительно улучшило торговое движение между Флоренцией и Пизой. Великий герцог продвигал новый ирригационный проект, благодаря которому многие земли вокруг Пизы стали пригодными для возделывания, что тоже значительно улучшило сельское хозяйство. В Пизе Фердинанд открыл много новых учебных заведений: школы, колледжи и новые факультеты университета. За это ему установили памятник около одного из корпусов университета, где он изображен опирающимся одной ногой на дельфина. Его бюсты можно увидеть над входными дверьми некоторых колледжей.