Виоланта Баварская не была красавицей: у нее было слишком узкое, вытянутое лицо, маленькие темные глаза и длинный нос, но при этом красивые белокурые волосы, тонкая, изящная фигура, спокойный и доброжелательный характер, утонченные манеры. Козимо III полюбил ее как собственную дочь, а жених Фердинанд Медичи остался к невесте равнодушен. 24 мая 1688 года между ними был заключен брачный контракт: Виоланте полагалось приданое в размере 400 000 талеров, но по условиям контракта в случае смерти ее мужа Великое герцогство должно будет вернуть ей половину этой суммы. Кроме того, Медичи обязались в случае вдовства компенсировать ей значительную сумму в 20 000 флоринов в виде дохода от какого-нибудь города герцогства Тосканского, которым она могла бы управлять. Впоследствии Виоланта стала губернатором Сиены. По условию Виоланта могла привезти с собой только одну фрейлину и одну служанку, хотя принцесса предпочла бы привезти с собой более многочисленный двор.
Брак по доверенности состоялся в Мюнхене 21 ноября 1688 года. Перед ее отъездом во Флоренцию состоялись праздничные церемонии и банкеты. Потом было долгое путешествие на родину мужа, которое длилось почти месяц. Наконец Виоланта прибыла в Тоскану и была разочарована: ее встречали только ее зять Жан Гастон и свекор Козимо III, Фердинанд был занят своими добрачными увеселительными поездками. Несмотря на то что принцесса приехала во Флоренцию уже 29 декабря 1688 года, ее официальный въезд был отложен на несколько дней, чтобы город мог закончить приготовления к официальному бракосочетанию в соответствии с богатым и роскошным вкусом двора Медичи.
Торжественное венчание состоялось 9 января 1689 года в соборе Санта-Мария дель Фьоре, который поразил невесту своей великолепной мраморной облицовкой и огромной фреской купола. Перед церемонией Виоланта проехала по улицам Флоренции в торжественной процессии, восседая на носилках под очень богатым, расшитым золотом балдахином, которые несли молодые отпрыски тосканской знати. За ними следовали члены семьи великих герцогов и придворные, занимающие высшие государственные должности. Часовня собора была богато украшена, собрались представители высших церковных учреждений, свадебную церемонию возглавил будущий кардинал Якопо Антонио Мориджа.
В конце венчания великий герцог Козимо III сам возложил корону, использованную для коронации Козимо I, на голову новобрачной. Виоланта влюбилась в своего красивого и галантного мужа с первого взгляда и была очень счастлива. Свадебные торжества были, как всегда, великолепными – флорентийцы хорошо умели организовывать праздники. На банкетах подавали деликатесы из заморских стран, в том числе из Нового Света, лучшее тосканское вино и, конечно, экзотические напитки: кофе и горячий шоколад с жасмином. В связи с карнавальным периодом программа праздников включала маскарады, театральные представления, аттракционы и исторический футбольный матч, организованный по этому случаю. Но основным зрелищем был рыцарский турнир, организованный на площади Санта-Кроче. Темой турнира была война между Европой и Азией. При этом одна половина воинов была загримирована под османов в восточных доспехах, которые находились в коллекции Медичи, а вторая – под европейских рыцарей в средневековых доспехах, тоже из коллекции династии.
Брак Виоланты и Фердинанда был несчастливым: как ни старалась бедная девушка понравиться своему мужу – у нее ничего не получалось. Не помогали ни красивые наряды, ни прекрасные духи, ни кружевное белье, ни ласка и забота. Наследный принц не сумел оценить по достоинству свою некрасивую жену и был к ней абсолютно равнодушен. Фердинанду на момент свадьбы было 26 лет, и его совершенно не интересовала молоденькая, неопытная 16-летняя девушка. Шли годы – а беременность не наступала, и в этом не было вины Виоланты. Козимо III пытался поговорить с невесткой, но что она могла сделать, если муж избегал ее и не появлялся в их общей спальне. Обществу жены он все больше предпочитал молодых юношей, особенно хороших певцов-кастратов. Фердинанд никогда не скрывал, что женился только для того, чтобы угодить отцу. Он никогда не испытывал к своей жене никаких серьезных чувств, и если бы не был наследным принцем, то вообще бы никогда не женился. А Виоланта из-за неопытности и, конечно же, из-за своего религиозного воспитания не смогла завлечь своего мужа.