Поздним вечером 3 февраля все готово к отправке "груза". Василий Андреевич Жуковский описал момент прощания с грустной и наивной прямолинейностью: "3 февраля в десять часов вечера собрались мы последний раз к тому, что ещё для нас осталось от Пушкина, отпели последнюю панихиду; ящик с гробом поставили в сани; в полночь сани тронулись, при свете месяца я провожал их несколько времени глазами, скоро они повернули за угол дома; и все, что было на земле Пушкин, навсегда пропало из глаз моих".
Панихиду пели над закрытым ящиком. Жуковскому, конечно, и в голову не могла прийти мысль, что осуществлена подмена тела.
Тайная полиция России имела определенный опыт в таких делах. После самоубийства Александра Николаевича Радищева его похоронили настолько оперативно и скрыто, что до сих пор найти его могилу не могут. Опыт этот вполне мог пригодиться при разработке и проведении операции по подмене и захоронении тела Пушкина.
За полночь трое саней покинули столицу. Одновременно в Псков послан специальный представитель императора и Третьего отделения камергер Яхонтов с приказом для губернатора Пещурова: "...воспретить всякое особенное изъявление". В конце вскользь замечено: "К сему не излишним считаю заметить, что отпевание тела уже совершено". Вот главное! Из-за этого спешил в Псков камергер Яхонтов. Если не отпевать, то и вскрывать гроб не нужно.
6 февраля в 6 часов утра гроб предан земле. При этом гроб из ящика не вынимали, бросив ящик и гроб в мерзлую землю, и чуть присыпав снегом.
До весны пролежал ящик у стены Святогорского монастыря. Никто и подумать не мог, что в нем важная государственная тайна.
Примечательно, что близкие родственники на могиле Пушкина не были. Жена, Наталья Николаевна, заехала как-то, постояла немного и ушла, а кирпичный склеп сделала соседка Пушкина, владелица села Тригорское П. Осипова.
Сомнения в том, что в Михайловском похоронен именно Пушкин, в очень осторожной форме высказал А.И. Фаресов почти сто лет назад в статье "В Святых Горах", помещенной в июльском номере журнала "Исторический вестник" за 1899 год: "...островский уездный исправник, которому приказано было встречать и провожать тело до вечного места упокоения, не рискнул сам отправиться для встречи тела поэта, а командировал для сего одного из своих последних канцелярских чиновников, который один и мог засвидетельствовать, что прибывший рано утром в Святые Горы осмоленный ящик зарыт в земле или, точнее, в снегу у одного из алтарей обители. Что же в действительности заключалось в этом ящике - свидетелей никого не было".
А если кто и был, то, конечно, молчал, и правильно делал, ибо сопричастен был государственной тайне. Но кое-какие слухи появились уже в феврале 1837 года.
За прошедшие годы с момента погребения трижды появлялась возможность убедиться, кто захоронен в погребении. Первый раз - при установке памятника в 1841 году. Затем в 1902 году, когда во время реставрационных работ осела земля и обнажился гроб. Решено было укрепить откос горы и заменить попортившийся кирпичный цоколь надгробного памятника гранитным. Работами руководил гражданский инженер В.Л. Назимов. Он являлся и автором проекта.
Работы фактически начались 1 июля 1902 года. При переделке свода часть склепа с западной стороны обвалилась. Образовалось значительное по размеру отверстие, сквозь которое стал виден гроб. Произошло это примерно 10 августа 1902 года.
Об этом узнал журналист В.К. Фролов, гостивший в имении барона Г.В. Розена. 12 августа Фролов и барон Розен приехали в Святые Горы. Фролов 26 сентября в газете "Новое время" опубликовал статью, где подробно описал увиденное: "Подойдя к передней решетке могилы, мы увидели около неё груды кирпичей, бочки с известью, почерневшие гнилые доски, тут же валявшиеся, и над всем этим хаосом высоко приподнятую чугунную решетку, из-под которой в беспорядочном виде торчали обломки старых могильных сводов и новые кирпичи, вделанные в стены могильного склепа. Небольшая группа рабочих в пять-шесть человек во главе с десятником копошилась около этих сводов. Еще момент, и мы увидели на глубине не более одного аршина от поверхности земли переднюю (головную) часть дубового гроба с прахом гениального поэта!"