К началу войны корпус не закончил полностью укомплектование и обучение. В корпусе числилось 30 436 человек личного состава, причем, если укомплектованность рядовым составом была близка к штатной, то командных кадров низшего и среднего звена явно не хватало. Например, в 23-м отдельном батальоне связи не было ни одного командира взводов радистов, а 23-й отдельный разведывательный батальон вообще не имел штаба батальона. В управлении корпуса с корпусными батальоном связи и инженерным батальоном из 182 сержантов, положенных по штатной численности — на 1 июня 1941 года имелось — 68, а в 581-м батальоне связи 202-й мотодивизии из 54 сержантов было всего 19.
28-й отдельный батальон связи и 28-й понтонно-мостовой батальон имели до 70 % рядового состава первого года службы, который прибыл из других частей и не владел подготовкой по специальности.
Укомплектование корпуса новыми танками Т-34 и КВ планировалось начать с июля 1941 года, с вооружения ими одного из танковых полков 28-й танковой дивизии. Для усиления брони легких танков в корпусе с помощью окружных рембаз производилось экранирование брови.
Слабой была обеспеченность корпуса и средствами радиосвязи. Штаб корпуса имел единственную радиостанцию 5-АК, а в 202-й дивизии из положенных 113 радиостанций числилось только 60.
Корпус к 22 июня имел: 288 орудий и минометов, 68 бронемашин, 199 тракторов, 2945 автомашин.
До 18 июня 1941 года:
управление, 10-й мцп, 47-й миб, 380-й обс — Митава (Елгава);
23-я танковая дивизия — Либава (Лиепая);
28-я танковая дивизия — Рига;
202-я моторизованная дивизия — Радвилишкис.
16 июня 1941 года в 23:10 командование 12-го механизированного корпуса получило директиву штаба округа о скрытной передислокации соединения в новые районы. 16–17 июня комкор Шестопалов проверял мобилизационную готовность 202-й дивизии.
18 июня в 13 часов комкор Шестопалов отдал приказ № 0033 о приведении дивизий корпуса в боевую готовность: «
28-я тд — в лесах Бувойни, М. Груджяй, Бриды, Норейки, КП — лес 1,5 км северо-восточнее Норейки. Должна была сосредоточиться к 5:00 20 июня 1941 года.
23-я тд — Тиркшляй, Седа, Тяльшяй, Тришкяй, КП — лес 2 км севернее Наримдайчяй. Сосредотачивалась к 5:00 20 июня 1941 года.
202-я мд — в лесах Драганай, Гесьви, Домбавас, Науконис, КП — лес 1,5 км восточнее Сенканы. Передилокацию должна была завершить к 14:00 19 июня.
10-й мцп — в лесу 2 км северо-западнее Давноры, к 5:00 20 июня.
47-й миб — в лесу 2 км южнее Адомишки.
Штаб корпуса и 380-й обс — в лесу 2 км западнее Найсе, к 4:00 20 июня 1941 года.
В 23:00 18 июня дивизии выступили и поход, совершая марши только в ночное время, а днем находясь на отдыхе. 19 июня в 15 часов выступил из Митавы штаб корпуса. Моторизованный полк 28-й танковой дивизии остался гарнизоном в Риге в распоряжении штаба округа до подхода в город 183-й стрелковой дивизии (полковник П. Н. Тупиков) и 5-го мотострелкового полка НКВД (полковник А. С. Головко).
20 июня дивизии и корпусные части сосредоточились в указанных им районах, организовав охрану и круговую оборону.
21 июня 202-я моторизованная дивизия совершила марш в новый район — Каркленай, (иск.) Покражанус, г. дв. Юнкилай. Расстояние между дивизиями достигало 60 километров.
Скрытное сосредоточение корпуса к началу военных действий позволило ему в первое время избежать потерь от авиации противника. Налеты люфтваффе на места прежней дислокации войск 12-го МК приходились по пустым военным городкам.
В 8:40 из штарма-8 было получено приказание о немедленной выброске одного мотострелкового батальона со взводом танков 202-й мотодивизии в районе Куртувенай, 28-ю танковую дивизию подготовить к переходу в Ужвентис.
Уже в 9 часов 45 минут 22 июня командующий фронтом принял решение на использование мехкорпусов для разгрома прорвавшегося противника. 12-й корпус в соответствии с этим приказом должен был наступать в расходящихся направлениях: 23-я танковая дивизия должна была ликвидировать противника в районе Кретинги, а остальные силы корпуса с рубежа Тяльшай — Повентис наступать «