Следующие четыре дня войны так же не привнесли изменений в дислокацию корпуса. Соединение являлось едва ли не единственным мехкорпусом приграиичных армий, не участвовавшим в полной мере в приграничных боях столь длительное время. Отчасти это объясняется даже не сложностью оперативной обстановки в полосе 12-й армии (пехотные дивизии здесь справлялись с натиском противника собственными силами), а чехардой в руководстве войсками. Номинально Юго-Западный фронт был лишен права управлять корпусом уже с исхода 24 июня, а вновь образованный Южный фронт и штаб 18-й армии взяли управление корпусом только к исходу 27 июня — причем последним еще требовалось известное время для изучения обстановки и принятия правильных решений. Свою роль сыграло и ожидание наступления немцев в полосе 18-й армии на север — дабы устроить котел в львовском выступе. 16-й мехкорпус держался в том числе и для прикрытия от этой опасности.
За это время соединения корпуса принципиально не меняли дислокации, готовясь к боям, но находясь на периферии главных сражений начавшийся войны.
Только 30 июня командование Южного фронта приняло решение на отвод своего правого фланга, который занимала 18-я армия. На следующий день штаб армии представил план отхода, в соответствии с которым 16-й механизированный корпус составлял резерв 18-й армии и отводился и район Балин, Дунаевцы. 19-й мотоциклетный полк должен был прикрывать переправу у Залещиков, а один из полков 240-й дивизии — железнодорожный мост в районе Студеница.
39-я танковая дивизия, по-прежнему находясь в оперативном подчинении 17-го стрелкового корпуса, должна была на первом этапе отхода совместно с 60-й горно-стрелковой дивизией обеспечить отход главных сил армии за реку Днестр. В дальнейшем дивизии предусматривалось два варианта действий: либо в составе 17-го корпуса в районе Студеницы, либо в составе своего корпуса в районе Дунаевцев.
Любопытно, что еще до отправки этого плана на утверждение в штаб фронта, командование 18-й армии издало боевой приказ № 05, а котором предлагаемый план притворялся в жизнь. В соответствии с приказом полк 240-й дивизии у Студеницы поступал в подчинение 169-й стрелковой дивизии.
Отвод войск 16-го механизированного корпуса за реку Днестр начался 2 июля 1941 года. Во избежание вскрытия передвижения разведкой противника и нанесения по колоннам авиационных ударов, отход совершался двумя ночными пepeходами. К утру 3 июля 15-я танковая дивизия, переправившись через Днестр в Залещиках, сосредоточилась в районе Черчь, Лянцкорунь. 39-я танковая дивизия, отходившая в арьергарде корпуса, вышла в район Беловцы, Круглик, а 240-я моторизованная дивизия (без одного полка) — в лес у населенного пункта Должок (в 5 километрах западнее Каменец-Подольского). На этом этапе одним из главных испытаний для частей корпуса стала переправа через Днестр достаточно большого количества автомашин, тракторов с орудиями, танков и колонн пехоты. Для прикрытия переправ в Залещиках корпусом был оставлен 19-й мотоциклетный полк.
В течение ночи на 4 июля 1941 года соединения совершили очередной переход и сосредоточились: 15-я дивизия — район восточнее Балин, Залесцы; 39-я и 240-я дивизии — Дунаевцы. Один полк 240-й дивизии — принял оборону переправы в районе Студеницы. Штаб корпуса разместился в Дунаевцах.
4 июля 1941 года 16-й механизированный корпус приказом Ставки убыл из состава Южного фронта. В соответствии с планами советского командования в районе Мозырь, Калинковичи, Хойники создавалась довольно мощная группировка, в которую должны были войти одна стрелковая и одна горно-стрелковая дивизии из прежнего состава 19-й армии, 5-й кавалерийский и несколько артиллерийских полков, управление стрелкового корпуса из состава Юго-Западного фронта, а также 16-й механизированный корпус и 32-я кавалерийская дивизия из состава Южного фронта.
По замыслу командования эти войска должны были составить ударную группу 21-й армии Западного фронта под единым руководством командира 5-го кавалерийского корпуса генерал-майора Камкова. Кроме того, на это направление планировалось использовать несколько легких кавалерийских дивизий, формировавшихся в тыловых военных округах. Не случайно в этот период командование 21-й армии осуществлял легендарный командарм 1-й Конной Армии и годы Гражданской войны Маршал Советского Союза С. М. Буденный.
Кроме того, в рамках той же 21-й армии создавалась еще одна ударная группа — в районе Довск, Рогачев, Жлобин, в составе 63-го стрелкового и 25-го механизированного корпусов.