В конце концов для решения вопроса была образована особая комиссия. Мелкие промышленники, инстинктивно чувствуя в Менделееве своего защитника, просили его стать их представителем. Ученый отказался, не желая терять статус объективного эксперта, и был введен в комиссию в качестве представителя Министерства государственных имуществ. Все четыре заседания этой комиссии прошли как четыре раунда жаркой схватки между Менделеевым и его недавними (и, пожалуй, искренними) доброжелателями Нобелем и Рагозиным. Те убеждали, что незачем везти куда-то нефть на переработку, поскольку главные затраты на перегонку составляют расходы на топливо, а у нас под ногами самое дешевое топливо в мире. И вообще, зачем мудрить и тратиться на бакинскую нефть, если очевидно, что она истощается и вообще скоро иссякнет? Вы что, не знаете, что у нас сокращается количество скважин? Тут, конечно, у присутствующих сразу возникал вопрос: зачем же жечь нефть, если она истощается? Но сторонники налога, которым было что терять, не сдавались, сыпали примерами и цифрами, которые якобы свидетельствовали об их правоте. В ответ на это Менделеев привел выведенную им алгебраическую формулу, в которую втащил цену нефти, рабочих рук, транспорта, переработки и всего остального, и неопровержимо доказал, что, как бы ни менялись условия производства, налог вредно отразится на развитии промышленности и на потребителях. Отсюда вывод: вместо введения налога нужно стимулировать соревнование мелких и крупных производителей в сфере максимально полной переработки всех фракций нефти и снижения стоимости продукции и развивать транспортную инфраструктуру.
Тут-то, во время длиннейшего доклада Дмитрия Ивановича, и лопнули его дружба и сотрудничество с «капитанами» российского нефтебизнеса. Рагозин стал высмеивать Менделеева, своей формулой действительно несколько утомившего присутствующих. Расчет делался на то, что Дмитрий Иванович по обыкновению взорвется, но тот неожиданно для всех ограничился кротким замечанием. Тогда Рагозин вызывающим тоном выкрикнул: «Когда вы о своих альфа да фи говорили, я молчал, так дайте же мне теперь о нефтяном деле говорить!» Дмитрий Иванович снова смолчал. Рагозин продолжил свою гневную тираду, пока не выговорился до конца: «Нам все говорят: ничего вы не понимаете, ничего не умеете. Да мы не о тех будущих знатоках говорим, которые пишут на бумаге, мы о себе, дураках, говорим. Ведь если мы к каждому аппарату по профессору поставим, так этого никакая промышленность не выдержит». Дмитрий Иванович опять не промолвил ни слова, хотя внешне казался вполне довольным. На следующий день его спросили, почему же он смолчал.
И всё же этот, по свидетельству В. Е. Тищенко, единственный на его памяти случай, когда Дмитрий Иванович сдержался, представляется труднообъяснимым. Ведь известно, что Менделеев в свое время так рявкнул на самого генерала Гурко, что всемогущий петербургский генерал-губернатор чуть не впал в ступор. Это случилось, когда Менделеев вызвался сопровождать к Гурко своего более мягкого друга, ректора университета А. Н. Бекетова. Генерал встретил профессоров криком, угрозами свернуть весь университет в бараний рог — и тут же был осажен политически неблагонадежным профессором Менделеевым:
Возможно, теперь Менделеев думал совсем о другом — дело было в декабре 1886 года, когда он с тревогой ожидал третьих родов Анны Ивановны, в результате которых на свет появились близнецы Мария и Василий. Возможно также, что ученый не вступил в свару, поскольку чувствовал себя победителем в споре и был уверен, что его доводы значительно более убедительные и налога, скорее всего, не будет, что он уже победил этот выгодный толстосумам налог, как в свое время победил откупа и акциз. А может, он впервые в жизни был поражен видом богатых, солидных людей, которые открыто врали из-за денег, и понял, какие потоки грязи будут вылиты на него в ближайшие годы?