Великое волнение и беспокойство Дмитрия Ивановича были напрямую связаны с его мрачным предвидением, которое со всей очевидностью оправдается в ходе войны с Японией. Если бы в 1904 году эскадра вице-адмирала 3. П. Рожественского прошла к Владивостоку коротким северным путем вместо того, чтобы полгода добираться в обход, через Атлантический, Индийский и Тихий океаны, возможно, и Цусимы бы не было. Искать виноватых, да еще через сто с лишком лет — дело пустое и неблагодарное. Тем не менее историческая память об этих событиях всё еще тревожит русское общество, пишущее сословие до сих пор перемывает косточки и морскому начальству, запретившему адмиралу Макарову искать Северный морской путь, и великому князю Александру Михайловичу, вздумавшему обижаться на «дерзкого» Менделеева, и самому Менделееву с его прямолинейным кабинетным планом, и Менделееву вкупе с Макаровым, не сумевшим договориться и, по сути, сорвавшим совместную комплексную экспедицию.[53]
Разойдясь с адмиралом Макаровым и будучи лишен возможности осуществить высокоширотную экспедицию, Менделеев, несмотря на глубокие личные переживания, никоим образом не стал заложником одного неудавшегося проекта. Как всегда, поле его деятельности было совершенно бескрайним. Вместо ледовой экспедиции он отправляется в длительное путешествие по железорудному Уралу (благо подготовка к обоим путешествиям началась одновременно и двигалась параллельно). Финансовое ведомство было озабочено проблемой переустройства уральских горных заводов, остававшихся во многом на доиндустриальном уровне, и Менделееву было поручено изучить проблему так, как мог сделать это только он — «до корня».
Уральское путешествие наглядно демонстрирует, каким образом Менделеев разбирался в задачах политической экономии и экономической географии. Вначале возникает ощущение, что в этом путешествии всё поставлено с ног на голову, поскольку ученый начинает уральскую экспедицию (точно так же, как, например, американскую или донецкую) с выводов и рекомендаций по данной проблеме. В марте 1899 года в докладной записке на имя товарища министра финансов В. Н. Коковцова он предлагает передать казенные оборонные заводы морскому и военному ведомствам, а остальные подвергнуть приватизации, без которой невозможны ни рост производительности, ни конкуренция. Казне же, полагал Менделеев, достанет дохода от продажи полезных ископаемых и леса. Что касается причин застоя уральских предприятий, уже находящихся в частном владении, то Дмитрий Иванович пишет:
Вопрос о поездке решался до конца мая — это было связано с особым статусом экспедиции, совершаемой «с высочайшего соизволения». Всё это время Менделеев и его сотрудники (в состав экспедиции были включены профессор минералогии Петербургского университета П. А. Земятченский, уже известные нам С. П. Вуколов и К. Н. Егоров, которым Дмитрий Иванович поручил не только осмотр ряда заводов, но и поиск новых магнитных аномалий и исследование Экибастузского каменноугольного месторождения, а также прикомандированные от Министерства государственных имуществ горный инженер Н. А. Саларов и от Постоянной совещательной конторы — В. В. Мамонтов) собирали материал для предстоящей поездки. Менделеев выполнил предварительный расчет общего производства чугуна и стали на Урале, наметил маршруты для себя и других членов экспедиции, а также лично обратился с письмами к ряду известных уральских промышленников с просьбой
Из Петербурга Менделеев выехал полубольной, надеясь, что дорога, как всегда, вернет ему здоровье и хорошее самочувствие. 18 июня вместе с Вуколовым и Егоровым он приехал в Пермь, а потом — в специальном вагоне, занимаясь в пути фотосъемкой, — в Кизел, далее на Чусовской завод и в Тагил… Он был намерен посетить 25 мест. Это были рудники и грохочущие, дышащие гарью заводы — все, кроме одного. 29 июня в Тюмени он сел на маленький колесный пароход «Фортуна», который по Туре, а потом по Тоболу доставил его в Тобольск.