Говоря о том, насколько в «Заветных мыслях» отпечатались черты личности автора и насколько эта книга была отмечена его сложным и противоречивым мировоззрением, нельзя не сказать и об отразившихся в ней менделеевских комплексах — точнее, о некоторых общенациональных комплексах, которые Дмитрий Иванович самым естественным образом разделял. В пятой главе «По поводу японской войны» он, например, выглядит, если использовать современную терминологию, настоящим «ястребом». Речь конечно же идет не о доброкачественном евразийстве, с которым он описывает значение развития русских территорий, омываемых Тихим океаном, и не о прозорливом предвидении того, что «на азиатских побережьях, до сих пор полусказочных… началась ярмарка новой мировой жизни, и впереди виден ее разгар». Тем более его нельзя упрекнуть за горестные строки о доблестной гибели «Варяга». Дело в другом. Работа над главой была начата Менделеевым спустя месяц после первого разгрома русских сил, в период затишья, когда Балтийская эскадра еще только двинулась к театру войны, навстречу неизбежной Цусиме, а Порт-Артур даже не был осажден. Но общая ситуация, при которой командование с трудом сумело противопоставить коварно напавшему врагу не более десяти процентов имеющейся у него военной мощи, факт очевидной неготовности России к современной войне были понятны с первых сообщений о нападении японских канонерок на русский флот, а такой знающий и информированный человек, каким был Менделеев, вполне мог предугадать ход событий еще до их начала. Ему ли, пристально следившему за событиями на Дальнем Востоке, было не знать, что Япония, у которой Россия вырвала из зубов захваченный в Японо-китайской войне Ляодунский полуостров и которая не желала мириться с русским присутствием в Маньчжурии и уступать в споре из-за русских лесных концессий в Корее, — эта Япония могла напасть в любую минуту? Его выдающийся ум должен был полностью сознавать и совершавшуюся военную катастрофу, и приближавшийся социальный взрыв.
Однако Менделеев в это время не только уверен в скорой победе над врагом, но и энергично рассуждает о связанных с ней контрибуциях и переделе дальневосточных территорий. В некоторых строках Дмитрий Иванович предстает едва ли не типичным носителем воинственного, оборонного сознания («Мне уже поздно воевать, глядя в могилу, но…») — с единственным отличием: он в состоянии описать этот синдром с исчерпывающей ясностью. «Такова уж наша покладистая природа, не терпящая похвальбы самообожания и рвущаяся обнять весь мир. В нас возмущается заветное, живое, хотя и совершенно бессознательное чувство, когда пред нами чем-нибудь кичатся даже в частной жизни, а в государственной… и подавно. И вот рядом с самообожающей похвальбой англичан да немцев выступили недавно японцы и ну нас корить всеми нашими недостатками и похваляться своими прирожденными, а особенно вновь приобретенными достоинствами, начиная с того, что они-де лет в тридцать приблизились к современному совершенству, начиная с парламентаризма, больше, чем мы успели в два столетия, а потому стали похваляться и взаправду верить, что они нас побьют, хотя их всего около сорока пяти миллионов, а у нас около ста сорока. Хвастливой похвальбы немало слышали мы ранее, но шла она с запада, от наших действительных учителей, к ней мы привыкли, а тут не из тучи гром расшевелил наши просонки».