По-видимому, просьба Дмитрия Ивановича возбудила амбиции в старике Лемохе, который счел для себя возможным вмешаться в переписку дочери и тестя, и вмешаться самым бестактным и бесцеремонным образом. Сохранилось ответное письмо Дмитрия Ивановича Лемоху. Читать его страшно: такая боль, такая душевная мука сочится из каждой строки.
«Вступать с Вами в дальнейшие переговоры я бы не желал, — писал Менделеев, — и если Вам угодно скорее все выяснить, то просите Варвару Кирилловну пожаловать…
Не Вам, а ей, ей одной без Вас я объясню все, а Вам, как я уже писал, не следует стоять между… Дед Митюши, припомните, со стороны отца, имеет права не меньше ваших. Я дорожу родственными узами, но я человек и старик, которого Вам угодно не понимать… Между мной и Митей Вы стоять не должны, а может быть только Варвара Кирилловна. Ее прошу отпустить Митюшу ко мне». Лемохи не отдали и не уберегли Митю: трех с половиной лет он умер от приступа аппендицита. И старость великого человека, так нежно любившего детей, была украшена только внучкой Наташей, дочерью Ольги. «Моя единая», — называл Дмитрий Иванович Наташу, которой позволялось много такого, на что не решались другие дети. Когда она без всякого стеснения вбегала в кабинет, где работал Дмитрий Иванович, он отодвигал книги, снимал очки, и между дедом и внучкой начинался разговор, заканчивавшийся обыкновенно изучением большого стеклянного шкафа, в котором хранились фрукты и сласти для гостей.
С адмиралом С. Макаровым Дмитрий Иванович лично познакомился еще в 1890 году. Адмирал был тогда главным инспектором морской артиллерии и часто встречался с Менделеевым по делам бездымного пороха. Ученый и флотоводец высоко ценили друг друга. Но получилось так, что их дружная совместная работа положила начало новому и важному для России делу, которое спустя несколько лет стало поводом для их размолвки.
Затевая разработку пушечного бездымного пороха, морское министерство рассчитывало потратить на эту проблему оказавшуюся в его распоряжении «остаточную сумму» в полтора миллиона рублей. Но Дмитрий Иванович сумел уложиться в полмиллиона, и, когда стал вопрос, на что истратить еще один оставшийся миллион, Менделеев вспомнил о своих занятиях сопротивлением жидкостей и предложил Н. Чихачеву построить опытовый бассейн. Ему не понадобилось долгой подготовки, чтобы объяснить морскому министерству те колоссальные выгоды, которые принесет бассейн русскому кораблестроению и которые «выразятся в избежании многих переделок и ошибок в проектировании кораблей, в уменьшении расходов на топливо судов и т. п.». В конце 1891 года в Англию в Торкей, где находился опытовый бассейн В. Фруда, был командирован корабельный инженер А. Грехнев, и к концу 1893 года сооружение первого в России бассейна было завершено, и одним из первых крупных исследований, проведенных в опытовом бассейне, было испытание модели ледокола «Ермак».
«Мое участие в «Ермаке» было немалое… — вспоминал Дмитрий Иванович. — Чрез меня С. О. Макаров у Витте получил возможность сделать заказ». Действительно, Менделеев сразу оценил и горячо поддержал идею мощного ледокола, которую выдвинул в начале 1897 года адмирал Макаров… «Ваша мысль блистательна, — писал он Степану Осиповичу, — и рано или поздно неизбежно выполнится и разовьется в дело большого значения». Когда Макаров во всех своих попытках добыть у разных ведомств денег на постройку ледокола потерпел неудачу, Дмитрий Иванович предложил адмиралу поговорить с Витте. Такая встреча состоялась 29 мая 1897 года, и Макаров два с половиной часа объяснял министру финансов, что мощный ледокол будет сильно содействовать процветанию русской торговли, ибо продлит на несколько недель навигацию и свяжет порты в устьях Енисея и Лены с северными портами европейской России.
В результате этого разговора 14 ноября 1897 года на строительство ледокола было отпущено 3 миллиона рублен, 28 декабря Макаров заключил в Англии контракт на постройку судна, 19 февраля 1899 года он поднял на ледоколе русский торговый флаг; 4 марта, легко проложив себе путь во льдах Балтийского моря и Финского залива, «Ермак» пришел в Кронштадт. А спустя полтора месяца — 18 апреля 1899 года — к величайшему ущербу для русской науки произошла нелепая размолвка между адмиралом Макаровым и профессором Менделеевым. Размолвка эта произошла в кабинете Витте при обсуждения вопроса о том, как удобнее и надежнее пройти на Дальний Восток к Сахалину из северных портов европейской России. Дмитрий Иванович считал, что нужно пройти к Северному полюсу, пересечь его, а потом спуститься на юг к Берингову проливу. Более опытный в мореплавании Макаров настаивал на плавании вдоль северного побережья Сибири.
«Между этими двумя выдающимися лицами, — вспоминал потом Витте, — произошло в моем присутствии довольно крупное и резкое разногласие, причем оба эти лица разошлись и затем более уже не встречались…»