Дмитрий Иванович стоял растроганный приветственными речами и удрученный опубликованным в утренних газетах сообщением: в ночь с 26 на 27 января японские миноносцы атаковали русскую эскадру на Порт-Артурском рейде. Семидесятилетие Менделеева совпало с началом русско-японской воины.
Для Дмитрия Ивановича движение России на восток было проявлением той «сказочной центробежности» русского племени, которая на протяжении столетий влекла его к выходу в открытые океаны. «Дошли мы первее всего до входа в свободные океаны на Белом море, — в «Заветных мыслях» писал он, — но тут свободу хода сдерживают и до сих пор льды… Ледовитого океана… Двинулись затем вниз по матушке по Волге, да не нашли выходов из ямы Каспия… Настал за этим славный… XVIII век, когда мы твердо сели у морей Балтийского и Черного… но тут оказались свои преграды в виде узких проливов, ведущих к свободным океанам, принадлежащих соседям, а не нам… И наши глаза стали искать иного выхода… Сибирские казаки дошли и доплыли до берегов Тихого океана немного разве после Магеллана… и первые из европейцев укрепились на берегах этого величайшего океана… Лишь долго потом… подвинулись мы на тех берегах к югу… Но и тогда, за кучей своих более близких домашних дел, мало кто у нас глядел в ту сторону и на те берега». Лишь в конце XIX века началось серьезное освоение Дальнего Востока.
Но авантюристическая политика царского правительства, подстрекаемого, как говорил Витте, «кровавым мальчуганством» придворных проходимцев; самоуверенность царя, заявлявшего: «Войны не будет, так как Я ее не хочу», в тот самый момент, когда дипломатические отношения между Россией и Японией были уже прерваны, сделали войну неизбежной.
Менделеев не сомневался в победе русского оружия. Он знал, конечно, что поначалу могут быть неудачи и даже поражения. Когда в 1877 году на праздновании 400-летия Упсальского университета в Швеции иностранные коллеги выражали удивление по поводу поражений русских под Плевной, он с удивившими всех спокойствием и уверенностью сказал: «Подождите только, когда мы начнем как следует». И теперь, четверть века спустя, Дмитрий Иванович по-прежнему считал, что главное — быстрее браться за дело как следует. «Бояться нам нужно, — писал он в одной из своих статей, — только рановременного окончания войны, вмешательства посредников и своего благодушия». Против него — этого благодушия — он не уставал бороться всю свою жизнь. В своих книгах и статьях он не уставал твердить: «Наша земля представляет великий соблазн для окружающих нас народов»; «Нам необходимо… быть начеку, не расплываться в миролюбии, быть готовыми встретить внешний напор, то есть быть страною… прежде всего военною»; «Разрозненных нас сразу уничтожат, наша сила в единстве, воинстве, благодушной семейственности, умножающей прирост народа, да в естественном росте нашего внутреннего богатства и миролюбия».
Но все шло не так, как ожидал Менделеев. Русско-японская воина не задела за живое душу русского народа, была непопулярна, ненавистна ему. Шли дни, недели, месяцы, а на смену сообщениям о поражениях не приходили вести о победах: погиб крейсер «Варяг», погиб на броненосце «Петропавловск» адмирал Макаров, пал Порт-Артур… Сообщения с театра боевых действий удручали Менделеева. Он пребывал в подавленном настроении, часто даже плакал. Говорил, что если японцы ступит на русскую землю, то и он пойдет воевать.
Сообщение о гибели русской эскадры при Цусиме в мае 1905 года произвело страшное впечатление на всю Россию. «Я была на Невском часа в три дня, когда эта весть разнеслась по городу и всюду продавались экстренно выпущенные телеграммы, — вспоминала дочь Дмитрия Ивановича Ольга. — Город сразу затих и умолк… Я сейчас же вернулась к отцу… Он по обыкновению был один, окруженный бумагами. Услышав мои шаги, Дмитрий Иванович снял очки и ждал меня, отложив бумаги в сторону. Когда я, насколько возможно осторожно, сообщила ему о случившемся, он откинулся назад в кресле, закрыл глаза, и из них тихо побежали слезы, затем, махнув рукой, проговорил: «Теперь все кончено». Потом привстал, весь вдруг осунулся, сгорбился и никого не велел принимать».
Нашлись люди, которые после окончания войны вздумали осыпать Менделеева упреками за то, что он при ее начале выражал уверенность в поражении Японии. Эти упреки глубоко уязвили Дмитрия Ивановича, и за несколько месяцев до смерти в своем последнем труде, так и оставшемся незавершенным, наш великий соотечественник с гневом отвечал им: «Войны я не одобрял и не одобряю, захвата Китая не вызывал и осуждать не переставал, посылку нашего флота к Цусиме считал и продолжаю считать совершенным неразумием… но, как русский, уверенность в силе своей страны питал, питаю и питать буду, и отпор нападающим… советовать не перестану, хотя все время пишу о том, что сперва надо все же свой домашний быт устроить».